| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,938,768 | IS2 (+) +5 bp | coding (542‑546/993 nt) | rbsR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator RbsR |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 3187426 | NA (NA) | 97 (1.010) | 83/494 | 0.1 | 96.9% | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3938768 = | 3 (0.030) | coding (542/993 nt) | rbsR | DNA‑binding transcriptional dual regulator RbsR | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 3938772 | 3 (0.030) | 106 (1.100) | 89/494 | 0.1 | 97.2% | coding (546/993 nt) | rbsR | DNA‑binding transcriptional dual regulator RbsR |
| ? | NC_000913 | 4498181 = | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
GGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAA‑AACGTTAACCTTTCCCAATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGTTTGCGTGACACCAGAGCAATTAACATTATTAGGATT > NC_000913/3187178‑3187674 | ggTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑t > 1:178196/1‑251 (MQ=11) ggCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTa < 2:724461/250‑1 (MQ=14) gCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCGTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTat < 1:338702/251‑1 (MQ=14) gggAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTatc < 2:966310/250‑1 (MQ=14) ggAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTatca < 2:978296/251‑1 (MQ=32) ccGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTTATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAACCCAG‑TTATCATCAtt < 1:753540/251‑1 (MQ=21) ccGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCAtt > 1:183858/1‑251 (MQ=34) ccGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCAtt < 1:505392/251‑1 (MQ=34) ccGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGAATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCAtt > 1:394183/1‑251 (MQ=21) aaCGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTCCATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCAAG‑TTAACATCATTGGTTGTGCg > 2:975473/1‑251 (MQ=255) 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cTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTg > 1:228379/1‑250 (MQ=255) ttCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGa > 2:797626/1‑250 (MQ=255) gTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGGGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTc < 1:921264/251‑1 (MQ=255) gATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGa < 1:24782/251‑1 (MQ=255) aaTAAAGCGGTACTACATCAGTATCATGCCCAAACAAGAAGGTTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGTAGAGTCGGTCGAGCACTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGTTTATCTCTCGCCACGGGAATATCTTCGGCAGCGGGTTTGTAATTGGTTAATTGATAACAG‑ATGTCTTGAAATATAGTGGCAAATCCAG‑TTATCATCATGGGTTTTGCGACATCTGATGTCGTTGAATTCAACAAAGa < 2:885333/250‑1 (MQ=14) aTAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAT‑TTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGAt < 1:811293/251‑1 (MQ=255) aTAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGAt < 2:804949/251‑1 (MQ=255) cGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATc > 1:202924/1‑251 (MQ=255) gTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAG‑ATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG‑TTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCg < 1:470725/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |