| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2805855 = | 4 (0.040) | 104 (1.100) | 82/486 | 0.1 | 97.7% | coding (1041/1203 nt) | proV | glycine betaine ABC transporter ATP binding subunit ProV |
| ? | NC_000913 | 2809446 = | 1 (0.010) | intergenic (+1322/‑171) | proX/ygaZ | glycine betaine ABC transporter periplasmic binding protein ProX/L‑valine exporter, YgaZ component | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGTGGCGTTGATATTAGTCAGGTATTCAGTGCGAAAGATATTGCCCGCCGGACACCGAATGGCTTAATTCGTAAAACCCCTGGCTTCGGCCCACGTTCGGCACTGAAATTATTGCAGGATGAAGATCGCGAATATGGCTACGTTATCGAACGCGGTAATAAGTTTGTCGGCGCAGTCTCCATCGATTCGCTTAAAACCGCGTTAACGCAGCAGCAAGGTCTTGATGCGGCGCTGATTGATGCGCCGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCTTAGCGAGTTGCTCTCTCATGTCGGACAGGCACCCTGTGCGGTGCCCGTGGTCGACGAGGACCAACAGTATGTCGGCATCATTTCGAAAGGAATGCTGCTGCGCGCTTTAGATCGTGAGGGGGTAAATAATGGCTGATCAAAATAATCCGTGGG‑ATACCACGCCAGCGGCGGACAGTGCCGCGCAATCCGCAGACGCCTGGGGTACACCGACGACTGCACC > NC_000913/2805610‑2806101 | atcggtaaactgtcgttgcatccttccatgaaggtcgccgaaccaggagcaggctgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacccccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAGc > 2:230774‑M1/246‑251 (MQ=255) cggtaaactgtctttgcatccttccatgaaggtcgccgaaccaggagcaggctgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacggtgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAGc < 2:269317‑M1/6‑1 (MQ=255) tCAGGTATTCAGTGCGAAAGATATTGCCCGCCGGACACCGAATGGCTTAATTCGTAAAACCCCTGGCTTCGGCCCACGTTCGGCACTGAAATTATTGCAGGATGAAGATCGCGAATATGGCTACGTTATCGAACGCGGTAATAAGTTTGTCGGCGCAGTCTCCATCGATTCGCTTAAAACCGCGTTAACGCAGCAGCCAGGTCTTGATGCGGCGCTGATTGATGCGCCGTTAGCAGTCGATGCACAAACGc > 1:164459/1‑251 (MQ=255) tccttccatgaaggtcgccgaaccaggtgcaggctgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCctc < 1:162442‑M1/26‑1 (MQ=255) tccatgaaggtcgccgaaccaggagcaggctgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCtt > 1:661531‑M1/222‑249 (MQ=255) tccatgaaggtcgccgaaccaggagcaggctgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcctaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCTTa > 2:478402‑M1/222‑250 (MQ=255) tacatgaaggtcgccgaaccaggagcaggctggggagtaaggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccaccagcccagtaaGTTAGCAGTCGATGCACACACGCCTCtt < 2:826798‑M1/28‑1 (MQ=255) gccatgaaggtcggcgaaccaggagcaggatgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatctgaaccttatcagactgatgtgcttcttaacccccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCTTa > 2:825962‑M1/222‑250 (MQ=255) ccatgaaggtcgccgaaccaggagcaggctgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCTTAg > 1:502962‑M1/221‑250 (MQ=255) aggtcgcagaaccaggagcaggctgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgcaaccagaccagtaaGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCTTAGAGAGTTg < 1:617048‑M1/37‑1 (MQ=255) cgccgaaccaggagcaggctgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCTTAGCGAGTTGctct > 1:956878‑M1/211‑251 (MQ=255) aGATATTGCCCGCCGGACACCGAATGGCTTAATTCGTAAAACCCCTGGCTTCGGCCCACGTTCGGCACTGAAATTATTGCAGGATGAAGAGCGCGAATATGGCTACGTTATCGAACGCGGTAATAAGTTTGTCGGCGCAGTCTCCATCGATTCGCTTAAAACCGCGTTAACGCAGCAGCAAGGTCTTGATGCGGCGCTGATTGATGCGCCGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCTTAGCGAGTTGctct < 2:164459/251‑1 (MQ=255) gaaccaggagcaggctgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCTTAGCGAGTAGctctctcc < 2:948814‑M1/45‑2 (MQ=255) 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aggagcaggctgtggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAGCAGTCGATGCACAAACGCCTCTTAGCGAGTTGCTCTCTCATGTCg < 1:991597‑M1/50‑1 (MQ=255) tggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttactattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgctgattgcttaatttgcggcttcctgccgatgaaaacctcgccaccagaccagtaaGTTAg < 2:899626‑M1/5‑1 (MQ=255) tggagtagggctttccatagagtgtacgcttaacgattgttaatattataaatagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgatgggcttcttaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgcggattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaaccgcgccaccagaccagtaaGTTAg > 1:899626‑M1/190‑194 (MQ=255) gggctttccgtagagtgtacgcttaacgattgttaatattataagtagactgaatgaatatcttaaccttatcagactgttgggcttattaacacccttataagtgtaaagccacgaaaacggttgatgattgcttaatttgcggcttcctgacgatgaaaacctcgccacaagaccagtaaGTTAGCAGTCGATGTACAACCGCCTCTTAGCGAGTTGCTCTATCATGTCGGACGAGCACCCTGTGCGGt < 2:141758‑M1/69‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |