| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,978,083 | +A | coding (115/351 nt) | flhD ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,978,083 | 1 | . | A | 91.1% | 240.9 / 13.7 | 79 | coding (115/351 nt) | flhD | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/6); new base A (32/40); total (33/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑T‑T‑TATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTGTTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACC > NC_000913/1977838‑1978327 | cACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCCGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATAGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑t‑tatatg > 2:620287/1‑246 (MQ=255) tGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑T‑TATATGCCg > 2:385855/1‑248 (MQ=255) ttttCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATTCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTACCGTTGTCGCCATTTCTTCA‑T‑TATATGCCGCGACGAAACATAGc > 1:832775/1‑251 (MQ=255) cTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑T‑TATATGCCGAGACGAAACATAGCGGAc > 1:77810/1‑251 (MQ=255) cgcAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGTAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTTCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCCTTTCTTCC‑T‑TATATGCCTAGACGACACATAGCGGACGCtt > 2:249734/1‑251 (MQ=255) aGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑T‑TATATGCCGAGCCGAAACATAGCGGACGCTTTGt > 2:706577/1‑251 (MQ=255) cgcTTCTGCAGGCTGAGTAACATCATTCAGCAAGCGGGTTGAGAGCATGATGACGGTAGGAATTTGCTGGAGATTGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGTTAGCTTATCCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTACCGTTGTCGCCATTTCTGCA‑T‑TATATGCCGAGACGAAACATAGCGGTCGCTTTGTcc < 2:104152/251‑1 (MQ=255) 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ggTATGAATTGGCTGTAGAGCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAAGCGTCTTGGGTCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCAGTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGTTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑T‑TATATGCCGAGACGAAACATATCGGACTCTTTGTCCTGAACAATTAAACGCTGAGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGGCATAAAtg < 2:488439/251‑1 (MQ=255) aTTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑T‑TATATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTGTTTc > 2:56102/1‑250 (MQ=255) gCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAGCCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCCTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑T‑TATATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAATTTGATGTCATAAATGTGTTTCAGCa < 1:656122/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |