| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 72,183 | 2 bp→GT | intergenic (+68/+45) | yabI → / ← thiQ | DedA family protein YabI/thiamine ABC transporter ATP binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 72,183 | 0 | A | G | 92.5% | 187.8 / 3.6 | 67 | intergenic (+68/+46) | yabI/thiQ | DedA family protein YabI/thiamine ABC transporter ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/1); new base G (34/28); total (38/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.48e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 72,184 | 0 | C | T | 90.9% | 179.3 / 6.1 | 67 | intergenic (+69/+45) | yabI/thiQ | DedA family protein YabI/thiamine ABC transporter ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/2); new base T (33/27); total (38/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
ATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTG‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGCTCACCAGCGTCAACATCTCCTG > NC_000913/71944‑72432 || aTGGCGCAGCGGTAAAGCAACCGATCGTTTAAGTCATTATTTGTCGCGCGGCCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGGGGCGCTGGTGGGGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGGGTATATCGAAATTTTGCGTAAAGTGGGTGGGGTTTAGGGGATTTTCTTT‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACG‑TTGACCCCGTCTTATCAAGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCg > 1:700534/1‑251 (MQ=255) 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> 2:82102/1‑250 (MQ=255) aCCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGGGATTGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGA‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCACTAGTGCTGAAGCACTCTCCTTACCGCTCACCAACTCATTCGTCTTACCCTGCCAGGCGCTGCTcccc > 2:419050/1‑250 (MQ=255) cGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGGGATTGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGA‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCg < 1:112324/251‑1 (MQ=255) ccGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGGGATTGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGA‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCgcccac > 1:215203/1‑246 (MQ=255) 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tGCCTGATGCGACGCTGA‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCACTAACGTc > 1:402160/1‑251 (MQ=255) aTGCGACGCTTG‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCAttttt > 1:23102/1‑251 (MQ=255) gCGACGCTCA‑CCGCGCCTTATCCGGCCTACAAAACGCACTGCCCGTAGGTCGGATAAGTTTTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACATCCCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATTCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCAGCAATAACGTCATTTTTtg < 1:207806/251‑1 (MQ=255) cgctgaccGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTtgctgc < 1:82102/245‑1 (MQ=255) cgcgTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGc < 1:391518/251‑1 (MQ=255) tATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGc < 1:649887/250‑1 (MQ=255) aTCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGCTAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCACCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCCTTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGGGCTc > 2:325396/1‑251 (MQ=255) aGGCCTACAACACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTACCCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGACGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGCGTGACACCATAAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCACCTCGGGCTAAcc > 2:533882/1‑251 (MQ=255) aGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGCTCAcc > 1:253871/1‑251 (MQ=255) 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cAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGCTCACCAGCGTCa < 1:538629/251‑1 (MQ=255) caaaCGCACTGTCCGTAGGCCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGCCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGCTCACCAGCGTc > 2:87633/2‑249 (MQ=255) tACCCGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGCTCACCAGCGTCAACATCTCCTg > 1:55711/1‑251 (MQ=255) || ATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTG‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGCTCACCAGCGTCAACATCTCCTG > NC_000913/71944‑72432 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |