| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 71,551 | 2 bp→TC | coding (201‑202/765 nt) | yabI → | DedA family protein YabI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 71,551 | 0 | C | T | 94.1% | 90.0 / NA | 34 | C67C (TGC→TGT) | yabI | DedA family protein YabI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (9/23); minor base G (1/1); total (10/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 71,552 | 0 | T | C | 97.1% | 103.0 / NA | 34 | L68L (TTG→CTG) | yabI | DedA family protein YabI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (10/23); total (10/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
TTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTATTGGCTGCTTGATGGGCG‑ACTGGATTTCTTTCTGGCTGGGTTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCACTACTTGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTT > NC_000913/71337‑71770 || ttGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTgggctg < 1:37213/250‑4 (MQ=255) aCAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGt < 1:626357/251‑1 (MQ=255) aaGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTg < 1:701454/251‑1 (MQ=255) tGCTGGAACACTTTATTACCCAGTCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTTTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGTCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACTGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCGGCGGCGAGTTAATTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTATCTGCTGGTCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCg < 1:108024/250‑1 (MQ=255) gAACACTTTATTACCCAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTc < 1:603236/251‑1 (MQ=255) 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tttGATTCTACCCGGTACGGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGGTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGGTTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTTTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑TAAAAGCCGTTGCCTCGCTGGTCATTTCTG‑GAGAAAAACAAAGCATTACTCGGTAAAAATGAAAATACGTTGCATCAACACAGCAAGTTCCCCCTTCTggtcggtc > 1:104046/1‑251 (MQ=255) tGATTCTTCCCGGTACGGTGCTGATGGGGGGGCTGGGGGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCGGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTGCACCATTCTGgtcggtcg < 2:384902/250‑1 (MQ=255) gCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGt < 1:322288/146‑1 (MQ=255) gggggCTGGGAGCGCTTGTTGGCTGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGGACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTGCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGCTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTg < 2:289168/250‑1 (MQ=255) cGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGCTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTg < 1:392368/251‑1 (MQ=255) tGGCAGCGGCGAGATAAGTTTCTGGCACGCATGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGGG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGTATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATACTTGGCGGGCGCTTTGGTGGCCCGACGCGACCGCTGGTGCCAATGGGGGCGGGGATgg > 1:483648/1‑250 (MQ=255) aGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTc > 1:403397/1‑190 (MQ=255) aGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTc < 2:403397/190‑1 (MQ=255) ggcgAGTTAAGTTGCGGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGGTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGCTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCt < 2:340538/251‑1 (MQ=255) ggCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTGGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGCTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCAAAAttc < 2:126273/251‑2 (MQ=255) gCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTGTCTGCTAGGCG‑ACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGCTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCAAAAttc > 1:267865/1‑249 (MQ=255) || TTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTATTGGCTGCTTGATGGGCG‑ACTGGATTTCTTTCTGGCTGGGTTGGCGTTTT‑AAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTG‑AAGAAAAACAAAGCACTACTTGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTT > NC_000913/71337‑71770 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |