| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 66,323 | G→A | D76D (GAC→GAT) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,323 | 0 | G | A | 99.0% | 306.2 / NA | 100 | D76D (GAC→GAT) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (45/54); minor base T (0/1); total (45/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCCTGTTTTTCAAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTG‑CGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTG > NC_000913/66080‑66565 | aCCCTGTTTTCCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGTTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCggag < 1:397596/250‑1 (MQ=255) tcagagggTTTCTACGATGTCTTTTCCGTTTTCCCACACATATTCACCTTTGATTTCTGCGTCGGTCTTTTTGCGGGTGCGGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTAGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGCCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGAGAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCttt < 2:666789/244‑1 (MQ=255) cgaaGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCCCTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTc < 1:121359/249‑1 (MQ=255) cgaaGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTc < 1:219508/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |