| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 66,308 | C→T | R81R (CGG→CGA) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,308 | 0 | C | T | 95.9% | 254.1 / NA | 97 | R81R (CGG→CGA) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (41/52); minor base G (3/1); total (44/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGCATCGATACCCTGTTTTTCAAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTG‑CGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTT > NC_000913/66069‑66553 | gcTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGGGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCCGTCGGTGAGTTgg > 1:235005/1‑251 (MQ=255)gcTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTGCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTgg < 1:143621/251‑1 (MQ=255) cTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATTGAGCAGTCGGGGGGTTggg > 1:290831/1‑250 (MQ=255) aTCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCgtat < 1:575058/251‑3 (MQ=255) 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aTGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGGCGGTGGGGTGGCGTATCGGAGGGGGGCTTTTTCTCACCTTCAACCAc > 2:253672/1‑251 (MQ=255) aCCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCgg > 1:173880/1‑251 (MQ=255) ggTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGGATCGGAGGGGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGttt > 1:514228/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |