| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 66,287 | G→C | P88P (CCC→CCG) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,287 | 0 | G | C | 98.9% | 299.5 / NA | 91 | P88P (CCC→CCG) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (40/50); minor base A (1/0); total (41/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
GGACCAGAACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCAAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTG‑CGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGT > NC_000913/66046‑66533 | ggACCAGGACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACTATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGc < 1:368701/250‑1 (MQ=255) cagacggtgtgctcttccgatctcTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCt < 1:535673/228‑1 (MQ=255) gaCGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTG‑TGTGGGCACAATGCCGCCAATGGACGGGGATGCCTGAt > 1:115399/2‑248 (MQ=255) gggCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTG‑CTGGAATCGACTGGCCCGCCGGCGCCCAGATAGGGGCGTGGCGCGAGGG‑GGTGTGCCCAATGCCGCCAATGGCCGGGAATGCCttgtagaggaggg > 2:11960/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |