| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,396,373 | C→T | T103T (ACC→ACT) | amiB → | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,396,373 | 0 | C | T | 97.5% | 249.1 / ‑5.3 | 81 | T103T (ACC→ACT) | amiB | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (39/39); total (40/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACCGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGCGGCAGAATGGCAGCAATTACACTGTCGTCTTTACGATTAACGCCGATGTGCCGCCACCGCCTCCTCCGCCGCCCGTGGTTGCGAAACGCGTTGAAACGCCTGCGGTTGTCGCACCGCGCGTCAGCGAACCGGCGCGCAATCCGTTTAAAACGGAAAGTAACCGCACTACGGGTGTTATCAGCAGTAATACGGTAACGCGTCCGGCAGCGCGCGC > NC_000913/4396131‑4396615 | gcgACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACTGAAAACgg > 1:565078/1‑251 (MQ=255) cgACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACTGAAAACGGt > 1:617257/1‑251 (MQ=255) acggtctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACTGAAAACGGTaa < 1:84838/247‑1 (MQ=255) gCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTCATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCACAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTACGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAATGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACCGACAACGGTaaa > 2:328131/1‑250 (MQ=255) 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1:117122/1‑157 (MQ=255) ggtggtCGATCTTACTGAAAACGTTAAAACCGAAGCGGTGAAGCGGCAGAATGGCAGCAATTACACTGTCGTCTTTACGATTAACGCCGATGTGCCGCCACCGCCTCCTCCGCCGCCCGTGGTTGCGAAACGCGTTGAAACGCCTGCGGTTGTCGCACCGCGCGTCAGCGAACCGGCGCGCAATCCGTTTAAAACGGAAAGTAACCGCACTACGGGTGTTATCAGCAGTAATACGGTAACGCGTCCGGCa < 1:155889/250‑1 (MQ=255) ggtggtAGATCTTACTGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGGGAAGCGGCAGAATGGCTGCAATTACACGGTCGTCTTTACGATTAACGCCGATGTGCCGCCACCGCCTCCTCCGCCGCCCGTGGTTGCGAAACGCGTTGAAACGCCTGCGGTTGTCGCACCGCGCGTCAGCGAACCGGCGCGCAATCCGTTTAAAACGGAAAGTAACCGCACTACGGGTGTTATCAGCAGTAATACGGTAACGCGTCCGGCa < 2:623323/250‑1 (MQ=255) gtggtCGATCTTACTGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGCGGCAGAATGGCAGCAATTACACTGTCGTCTTTACGATTAACGCCGATGTGCCGCCACCGCCTCCTCCGCCGCCCGTGGTTGCGAAACGCGTTGAAACGCCTGCGGTTGTCGCACCGCGCGTCAGCGAACCGGCGCGCAATCCGTTTAAAACGGAAAGTAACCGCACTACGGGTGTTATCAGCAGTAATACGGTAACGCGTCCGGCAgc < 1:290535/251‑1 (MQ=255) ggggtCGATCTTACCAAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGCGGCAGAAAGGCAGCAATTACCCTGTCGTTTTTACGATTAACGCCGATGGGCCGCCACCGCCTCCTCCGCCGCCCGTGGTTGCGAAACGCGTTGAAACGCCTGCGGTTGTCGCACCGCGCGTCAGCGAACCGGCGCGCAATCCGTTTAAAACGGAAAGTAACCGCACTACGGGTGTTATCAGCAGTAATACGGTAACGCGTCCGGCAgc < 2:13110/249‑1 (MQ=255) gATCTTACTGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGCGGCAGAATGGCAGCAATTACACTGTCGTCTTTACGATTAACGCCGATGTGCCGCCACCGCCTCCTCCGCCGCCCGTGGTTGCGAAACGCGTTGAAACGCCTGCGGTTGTCGCACCGCGCGTCAGCGAACCGGCGCGCAATCCGTTTAAAACGGAAAGTAACCGCACTACGGGTGTTATCAGCAGTAATACGGTAACGCGTCCGGCAgcgcgcgc > 1:125058/1‑251 (MQ=255) | GCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACCGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGCGGCAGAATGGCAGCAATTACACTGTCGTCTTTACGATTAACGCCGATGTGCCGCCACCGCCTCCTCCGCCGCCCGTGGTTGCGAAACGCGTTGAAACGCCTGCGGTTGTCGCACCGCGCGTCAGCGAACCGGCGCGCAATCCGTTTAAAACGGAAAGTAACCGCACTACGGGTGTTATCAGCAGTAATACGGTAACGCGTCCGGCAGCGCGCGC > NC_000913/4396131‑4396615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |