| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,327,354 | C→T | A168V (GCT→GTT) | rluB → | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,327,354 | 0 | C | T | 96.7% | 149.1 / NA | 60 | A168V (GCT→GTT) | rluB | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (30/28); minor base G (0/2); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTG‑ATATCCCAC‑TGCCAAAA‑GGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCG > NC_000913/1327107‑1327592 | gAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCTTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGtttt < 1:531855/251‑1 (MQ=255) cGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGTTTTTaacac > 1:678630/1‑248 (MQ=255) aCGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGTTTTTAAAACCATCaa < 1:619948/251‑1 (MQ=255) gtgtTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGTTTTTAAAACCATCAAGtt > 1:101550/1‑251 (MQ=255) 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aaCTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGTTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTG‑ATATCCCAC‑TGCCAAAA‑GGTCTGCCACCCGGTGGCTGGTCGGAGCTGGACCTCGcc > 1:118739/1‑251 (MQ=255) ggttttaggcggtgCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGTTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTACCCGTGAAGTTCGGCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTG‑ATATCCCAC‑TGCCAAAA‑GGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGactaa < 2:101550/238‑1 (MQ=255) aGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGTTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTG‑ATATCCCAC‑TGCCAAAA‑GGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCt < 1:289777/251‑1 (MQ=255) gacGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGTTTTTAAAACCCTCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGAACAACCAGTGGTACAACGAGACTCTGGCCGAAGGCCGTAACCGGGAAGTTCGGCGGCTGTGGGAAGCGGTTGGTGGGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGGG‑AAATCC‑ACATCACAAAA‑GGTATGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGAACTGGCCCAGACTAACTATcgt > 2:605968/3‑249 (MQ=255) ggCGGGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGGTTTTAAAACCATCAAGTGCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTG‑ATATCCCAC‑TGCCAAAA‑GGTCTGCCACGCGGTGGCTGTACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTgcgtg < 2:347939/250‑3 (MQ=255) gagtgggAAGGTGGTCCGGCATGTTTTAAAACCATCAAGTTCATCGGCGGCGAAGGGGACAACCAGTGGGACAACGTGTCTCTGACCGGAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTTTGTGGTAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGATCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTG‑ATATCCCAC‑TGCCAAAA‑GGGCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACtgtg < 2:443323/246‑3 (MQ=255) gATGGTCCGGCAGTTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTG‑ATATCCCAC‑TGCCAAAA‑GGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTAcc < 1:243632/251‑1 (MQ=255) aTGGTCCGGCAGTTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTG‑ATATCCCAC‑TGCCAAAA‑GGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCg > 1:512379/1‑251 (MQ=255) aTGGTCCGGCAGTTTTTAAAACCATCAAGTGTAGCGGCGGCGAAGGGGTCAACCAGTGGTACATCGTGTCTCTAGCCGAAAGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCTCCTGATCCGTGTTCGTTTCTGTG‑ATATCCCAC‑TGCCAAAA‑GGTCTTCCCCGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCg < 2:525098/251‑1 (MQ=255) | GAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTG‑ATATCCCAC‑TGCCAAAA‑GGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCG > NC_000913/1327107‑1327592 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |