| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 968,837 | G→A | D158N (GAT→AAT) | lpxK → | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 968,837 | 0 | G | A | 94.4% | 165.4 / ‑3.9 | 54 | D158N (GAT→AAT) | lpxK | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (17/34); total (19/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTT‑CGTTCTGATGCGG‑TAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGAC‑GGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCG‑TGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGT‑CCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGC > NC_000913/968596‑969072 | tCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTT‑CGTTCTGATGCGG‑TAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGAC‑GGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCG‑TAATGTGGaa < 1:310327/250‑1 (MQ=255)tCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTAGTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTT‑CGTTCTGATGCGG‑TAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGAC‑GGTTTACTGCATTACCGTCTGGCGCG‑TAATGTGGaa < 1:442953/250‑1 (MQ=255) cgTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGGGATGAAACTGTGTTGATTTTTCAAAGCACCGAGGCGCCTGGTGCGGTTTCTTCCGCT‑CGTTTTGATGGGGGAAAAAACCAT‑CTGGCGCAACACCCTGATGGGCAGATCATCGTAACCGACGAC‑GGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCG‑TAATGTGGAAATTg > 1:208287/1‑251 (MQ=255) gggggTCGTATCGCGGGGATAGGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCATCGCACTGATGTTCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTT‑CGTTCTGATGCGG‑TAAAAGCCATTCTG‑‑GCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGAC‑GGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCG‑TAATGTGGAAATTGTCGtt < 1:428358/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |