| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 89,103 | G→C | intergenic (+71/‑531) | cra → / → mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,103 | 0 | G | C | 93.9% | 95.3 / 0.3 | 33 | intergenic (+71/‑531) | cra/mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (10/21); total (11/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
AACTGCTCGACTTCTTACAGTGTCCGGTGCTGGCAGTGGCTCAACGTCACCGCGATGTCGCAGAGCGTGTGCTGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGA > NC_000913/88857‑89338 | aacgtctcgactatgtACAGTTTCCGGTGCTGTCAGTGGCTCAACGGCACCGCGATGTTGCAGAGCGTGTGCTGGAGATGGTCCTGGCAAGCCTGGACGAGCCGCGTATGCCAAACCCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAATCCGCGAACAAAAATACGCGCCACGTGAATCTTCCTCTGGCGCGTAGTGTACGGGAATGGACATCAATATCCTTa < 2:631575/236‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |