| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 84,251 | G→T | intergenic (‑543/‑117) | leuL ← / → leuO | leu operon leader peptide/DNA‑binding transcriptional dual regulator LeuO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 84,251 | 0 | G | T | 82.9% | 73.2 / 8.5 | 35 | intergenic (‑543/‑117) | leuL/leuO | leu operon leader peptide/DNA‑binding transcriptional dual regulator LeuO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base T (13/16); total (16/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
ATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAACCACAGCTACGCATGGTCGATCTCAACTTATTAACCGTTTTCGATGCCGTGATGCAGGAGCAAAACATTAC > NC_000913/84021‑84486 | atcttgtgtatatTAATAATCTATTAATGTTAAAAATTAATGCATTTAATATATAAATTAAATATTAAATAAGCACAATTAAGCCATTTTGGTGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGAAACAAAAACATTATGTATTATTATGCTGTAGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTTTGTTTTTTTCAGAACCCGTATCTTTATGTTTGCCTAATTTTACTCCTTTTCCtt < 2:466509/241‑1 (MQ=255) tGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTGTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCttttt < 1:330392/250‑1 (MQ=255) attattGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAAGTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTAtttg < 2:34198/250‑2 (MQ=255) tattGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTtat < 2:162930/250‑1 (MQ=255) attGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAACTATATAAGTTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTTTGATTAGATTGTTTTCGAAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAATTGACTCATTACACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTCCTCATTTTCATTTTTCTTATTTTatat > 2:107703/1‑251 (MQ=255) ttGATCAATTATTGTTAAGGATTAATGCATTAAATATATATATTACTTATTAAATAAGCACTTTTAATCCATTTTGAAGATGATTATGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGTTGATTCTGCTGCGGGAAATGACTCATTCCACGGCTATGGATTCTGTTTTTATCATCACCAGTATCTTTATGTTCTCCTAATTTTACTAATTTTCCTTTTTCTTTTTTTatatt > 2:168190/1‑250 (MQ=255) aaGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTAATAAATAAGCACAGTTAATCCATGTTGTAGATGATTGAGTAGTTGCGGTAGTTATGATTAGTTTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGTATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGATCTTGTATCTTTATATTTTCCTAAATTGACTCATTTTTCAAGTTCTTATTTCATATTCATGATAAATCatat < 2:686961/250‑1 (MQ=255) gAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATAttct > 1:659547/1‑251 (MQ=255) aaTGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTACTTATTTTATATGCATGATAAAGCATAttctcgagg < 2:1266/251‑6 (MQ=255) gCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCAAGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATAttttcgaggttt > 2:513564/1‑241 (MQ=255) aattaTTAAATAAGCAAATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAACACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAAt > 1:585019/1‑251 (MQ=255) aaaTAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGAAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAACAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGAAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACACGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTTTTTTATATTCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTCTGCTATCCATTaaggga > 2:829/1‑250 (MQ=255) aTAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAAACATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATaagggaaag < 2:308175/251‑1 (MQ=255) tAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATaagggaaagg > 2:210818/1‑251 (MQ=255) aGCACATTTAATCCATTTTGGAGATGATTGATTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATaagggaaaggga < 1:20635/251‑1 (MQ=255) aGATGATTGAGTATTCGCTGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCTAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGt < 1:611936/250‑1 (MQ=255) gTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACaa < 1:251925/251‑1 (MQ=255) gTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGGGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGAACa > 2:640355/1‑250 (MQ=255) aTGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGat < 1:552573/251‑1 (MQ=255) ttCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCAGTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGAcgg < 2:228390/250‑1 (MQ=255) aCATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTATTCTCAGAACACGAATCTTTATGTTTTCCTACTTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTCTTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTCTTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGTGTTAAGTGTGACAGAGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCa > 1:31609/1‑250 (MQ=255) cATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCa > 1:238776/1‑249 (MQ=255) cttATGGATTATTCTGCTGTGGTAAATGCCTCATTCCCCGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTAATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTCTGCTTTCAAATAAGGGACAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGtt > 2:312855/2‑198 (MQ=255) aTTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATTACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATGTTATATGCATGATAAACCATATTCTTCAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGtt < 1:312855/198‑1 (MQ=255) ttattaTGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAGCCACAGCt > 2:286420/1‑250 (MQ=255) gCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAACCACAGCTACGCATg < 1:210818/250‑1 (MQ=255) aaaTGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAGCAACAGCTACGCATGGTCGAtctc > 1:406868/1‑251 (MQ=255) cAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAGCCACAGCTACGCATGGTCGATCTCAACTTATTAACCGTTTTc < 1:16871/251‑1 (MQ=255) ttttATCAGAACACGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGAGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAGCCACAGCTACGCATGGACGATCTAAACTTATTAACCGTTTTCGATGCCGAGAttc > 2:519342/1‑249 (MQ=255) ttaacataaCCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTTCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAACCACAGCTACGCATGGTCGATCTCAACTTATTAACCGTTTTCGATGCCGTGATGCa < 2:383971/243‑1 (MQ=255) ttATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATTGGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGATTTAAGCAAGCCACAGCTACGCATGGTCGATCTCAACTTATTAACCGTTTTCGATGCCGTGATGCa < 2:521733/250‑1 (MQ=255) gAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCCTTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAGCAACAGCTACGCATGTTCGAt > 2:446049/1‑209 (MQ=255) gAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAGCCACAGCTACGCATGGTCGAt < 1:446049/209‑1 (MQ=255) aTCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGCTAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGGGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAGCCACAGCTACGCATGGTCGCTCTCAACTTATTAACCGTTTTCGATGCCGTGATGCAGGAGCAATACATTAc > 1:173403/1‑251 (MQ=255) aTCTTTATGTTTTCCTAATTTTACGCATTTTCCTTTTTCTTATTTTAGATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTTCTCTGCAGTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAGCCTCAGCTACGCATGGTCGATCTCAACTTATTAACCGTTTTCGATGCCGTGATGCAGGAGCAAAACATTa < 1:107703/250‑1 (MQ=255) | ATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAACCACAGCTACGCATGGTCGATCTCAACTTATTAACCGTTTTCGATGCCGTGATGCAGGAGCAAAACATTAC > NC_000913/84021‑84486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |