| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 82,957 | C→T | V191V (GTG→GTA) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 82,957 | 0 | C | T | 95.2% | 166.1 / NA | 66 | V191V (GTG→GTA) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (34/26); minor base G (3/0); total (39/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAG‑CGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTTGGTGG > NC_000913/82719‑83207 | ggctggTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCAt < 1:264602/249‑1 (MQ=255)ggcgtgTGCGCCATACCTCCTGGTTATTAATGGGGGGGTGGGCGTTGAGAATATCCTTACGATCTTTG‑ACCGCCAAGATGACTTCTTCTAGGGACCAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATG‑GCGCCTTCCCCCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCTATGTTAGGTACGCGTTCAt < 2:149375/244‑1 (MQ=255) ctggTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGAAGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTT‑ATCGCCATGATGCCTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGGTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCACTGAGGTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCCTCGTGGGTCTGTTCGGAAAAAATGGCTTTTTCGATGTTGGGGACGCGTTCATACa > 1:327290/1‑250 (MQ=255) gcCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGGGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATACCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCCCCGGCATGTAACGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCCGGCCTAAATCGGCGTGGGTATGTCCGGAAAAAATGGCTTTGTCGATGGTAGGGACGCGTTCATACAGGCCGCtg > 1:592660/1‑251 (MQ=255) 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gTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTaa > 1:236824/1‑133 (MQ=255) aTGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGAATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATATACAG‑CGCGTTCg > 1:702109/1‑250 (MQ=255) tGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCACCATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAG‑CGCGTTCGAt > 2:81305/1‑251 (MQ=255) aCGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAG‑CGCGTTCGATCAc > 1:289356/1‑251 (MQ=255) 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cACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTCATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAG‑CGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTtggtgg > 2:125975/1‑251 (MQ=255) | GGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAG‑CGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTTGGTGG > NC_000913/82719‑83207 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |