| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 82,933 | G→A | I199I (ATC→ATT) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 82,933 | 0 | G | A | 95.2% | 176.6 / ‑2.8 | 63 | I199I (ATC→ATT) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (33/26); total (36/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGG‑AGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAG‑CGCGTTCGATCACC > NC_000913/82698‑83179 | tACAAATCTGGTTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGGGATGAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCTTTACGACCTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATG‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGACTGTGA‑GTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTc < 1:493918/250‑1 (MQ=255) aactaactGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGGTGAGAATATCCTTACGGACTTTG‑ATCGCCATGGTGGCTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑TCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCCCCCGTGAAGTGGCC‑ACCGCCCGGCCTAAATCGTACTGGGTGTGTTCGG‑AAAAAATGGCttttttggtgtttgggacgg > 1:562203/1‑234 (MQ=255) actGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGGGTGGGCGTTGAGAATATCCTTTCGAACTTTG‑ATCGCCCTTATGACTTCTTCCAGGGGACAGTTTTCGGCACCCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GGGCCTTCCACCTGGGGGGCCCCGGCATGGACCGCCGCCAGTGG‑GTTGCCGACCGCCAGGGCCAAATCGTCGTGGGGAGATACGGGAGA‑AATGGCTTTGTCGAAGTTatgtacgggttc > 1:13109/1‑239 (MQ=255) ggctggTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCAt < 1:264602/249‑1 (MQ=255) 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cAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACACAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGCATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTc > 2:274896/1‑250 (MQ=255) aGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGGAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCAc < 1:42867/251‑1 (MQ=255) ggTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCCTCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAG‑CGCGtt > 2:358840/1‑251 (MQ=255) ggTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGGTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAG‑CGCGtt < 1:603805/251‑1 (MQ=255) gTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTaa < 2:236824/133‑1 (MQ=255) gTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTaa > 1:236824/1‑133 (MQ=255) aTGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGAATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATATACAG‑CGCGTTCg > 1:702109/1‑250 (MQ=255) 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TACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGG‑AGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAG‑CGCGTTCGATCACC > NC_000913/82698‑83179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |