| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 82,909 | C→T | L207L (TTG→TTA) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 82,909 | 0 | C | T | 91.7% | 165.2 / ‑1.6 | 60 | L207L (TTG→TTA) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/1); new base T (30/25); total (34/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAACAATGGCTTTGTT‑TGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTTCCGACC‑GCCAGGCCCAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCAC > NC_000913/82664‑83154 | ccAACAATGGCTTTGTTGTGC‑GGGACCGGAATATCACAAAACTGGTTAACGAACTGGCTGGTGCGCCATATCCCCTGGTGATAAATGGCGGGGTGGACTTTGAGAATATCCTTACGAACTGTG‑ATCTCCATGATGACTTCTCCCAGGGAACAGTTTCCGGCCCGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCCCCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAAtc < 2:158316/251‑1 (MQ=255) aaTGGCTTTGTT‑TGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGGCGGTGAAAATAACCTTACGAACTTTT‑ATCGCCATGATGACTTTTTTCAGGGGACAGATTCCGGCACACTCGCCGGGACCGGTTATT‑GGGGCTTTCACCCGGCGGGCACCGGCATGGACCGCCGCCCGTGG‑GTTGCCGACCCGCCAGGCGCAA‑tcgtcgg > 1:108774/1‑250 (MQ=255) ggCTTTGTT‑TGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAAATTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCCGTGA‑GTTGCCGACC‑CCCAGGCCTCAATCGTCG‑Tggg > 1:477979/1‑251 (MQ=255) gggATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAAAATATCCTTACGAAATTTG‑GTCCACCTGATGACTTCTTCCAGGGCACAGTTTCCGGCACGCCCGCCGATCCCGTTTCTT‑GCGCCCTCCCCCTGGCGGGCACCGGCCTGTACCGACGCCCATGA‑GGTGCCGCCC‑GCCAGGCCTAAATCGTCGGTGGGttgggagagccc > 1:419830/1‑240 (MQ=255) 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actGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGGGTGGGCGTTGAGAATATCCTTTCGAACTTTG‑ATCGCCCTTATGACTTCTTCCAGGGGACAGTTTTCGGCACCCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GGGCCTTCCACCTGGGGGGCCCCGGCATGGACCGCCGCCAGTGG‑GTTGCCGACC‑GCCAGGGCCAAATCGTCG‑TGGGGAGATACGGGAGA‑AATGGCTTTGTCGAAGTTatgtacgggttc > 1:13109/1‑239 (MQ=255) ggctggTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCAt < 1:264602/249‑1 (MQ=255) ggcgtgTGCGCCATACCTCCTGGTTATTAATGGGGGGGTGGGCGTTGAGAATATCCTTACGATCTTTG‑ACCGCCAAGATGACTTCTTCTAGGGACCAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATG‑GCGCCTTCCCCCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCTATGTTAGGTACGCGTTCAt < 2:149375/244‑1 (MQ=255) 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cgccgctattgagtggccGACC‑GTCAGGGCTAAATCTTCG‑GGGGTATGTACGG‑AAATAATGTCTTTGTCGATGTTAGTTTCGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGGAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGTCATCTTCGCAAGAAAATTCAAcatcat < 2:664650/235‑1 (MQ=255) gttgccGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTAc < 1:21121/247‑1 (MQ=255) gttgccGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTAc < 1:683944/247‑1 (MQ=255) tCCGACC‑GCCAGGCCCAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGAACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGCGAAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCACTGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCTAGAAAATTCacaataatcggtcaaattaaggg > 2:361362/1‑229 (MQ=255) cAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTc > 1:96507/1‑250 (MQ=255) cAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACACAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGCATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTc > 2:274896/1‑250 (MQ=255) aGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGGAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCAc < 1:42867/251‑1 (MQ=255) | CCAACAATGGCTTTGTT‑TGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTTCCGACC‑GCCAGGCCCAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCAC > NC_000913/82664‑83154 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |