| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 82,894 | T→G | G212G (GGA→GGC) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 82,894 | 0 | T | G | 94.8% | 149.5 / ‑3.9 | 58 | G212G (GGA→GGC) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base G (32/23); total (33/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
GAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTT‑TGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGT‑GGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTTCCGACC‑GCCAGGCCCAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGG > NC_000913/82651‑83144 | gaaggccctgcggcaacaaaTGGCTTTGGT‑GGCCGGGATCGGCAGATTACAAATCGGGTTAACTAGCTGGCTGGTGCGCCCTAGCTCCTGGTGATTAATGGCG‑TGTTGGACTGTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTCCTTCCGGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCAGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACAGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGatcg < 2:543583/233‑4 (MQ=255) gCCAACAATGGCTTTGTT‑TGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGT‑GGACGTTGAAAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCCTGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGGTCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGGGCACCGGCATGTACCGCCGCCCGGGA‑GTTGCCGACC‑Gccccgcctaaat > 1:73885/1‑241 (MQ=255) ccAACAATGGCTTTGTTGTGC‑GGGACCGGAATATCACAAAACTGGTTAACGAACTGGCTGGTGCGCCATATCCCCTGGTGATAAATGGCGGGGT‑GGACTTTGAGAATATCCTTACGAACTGTG‑ATCTCCATGATGACTTCTCCCAGGGAACAGTTTCCGGCCCGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCCCCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAAtc < 2:158316/251‑1 (MQ=255) aaTGGCTTTGTT‑TGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGT‑GGGCGGTGAAAATAACCTTACGAACTTTT‑ATCGCCATGATGACTTTTTTCAGGGGACAGATTCCGGCACACTCGCCGGGACCGGTTATT‑GGGGCTTTCACCCGGCGGGCACCGGCATGGACCGCCGCCCGTGG‑GTTGCCGACCCGCCAGGCGCAA‑tcgtcgg > 1:108774/1‑250 (MQ=255) 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cATT‑GCGCCTTCCACCGGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGgt < 1:278022/250‑1 (MQ=255) cGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACCG‑TGTCCGGTATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGGTCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCTACTTCGcc > 2:174577/1‑250 (MQ=255) gTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCa < 1:328279/216‑1 (MQ=255) gTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGGGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCAACCGCGCCa > 2:328279/1‑216 (MQ=255) cacccgcaggcaCCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TTGGTATGTACGG‑AAAGAATTGTTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGATCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGaa < 2:359843/240‑1 (MQ=255) ggccttgtcccgccgacgtggA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACTCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACGCAAACGGCATGGGGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGGTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTACGACCACACGCTACAGAGCGGCAATGGGCGTACGCCCGGCATCTTTGCAAGAAAAt < 2:73885/231‑1 (MQ=255) ggcctGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGAACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCACGAAAAtt > 1:283726/5‑251 (MQ=255) caggTACCGCCGCCAGTGA‑GGTGCCGACC‑GCCAGGCCTAAATCGTCG‑TGGGTTAGTACGG‑AAATAATGGCTTTGTCGATGGTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGAGAACACAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGGCAGGTATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCGTCGACAACTCGCGCCAGATCGGAACTTGGTGAAAGCCCAGCATATTCGCAAGACAAtacc > 2:259906/4‑248 (MQ=255) tCCGACC‑GCCAGGCCCAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGAACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGCGAAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCACTGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCTAGAAAATTCacaataatcggtcaaattaaggg > 2:361362/1‑229 (MQ=255) | GAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTT‑TGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGT‑GGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTG‑ATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATT‑GCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGA‑GTTTCCGACC‑GCCAGGCCCAAATCGTCG‑TGGGTATGTACGG‑AGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGG‑TGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGG > NC_000913/82651‑83144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |