| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 78,533 | A→C | M305L (ATG→CTG) | setA → | sugar exporter SetA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 78,533 | 0 | A | C | 97.2% | 91.6 / ‑6.4 | 36 | M305L (ATG→CTG) | setA | sugar exporter SetA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (15/20); minor base G (0/1); total (15/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
CCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGACTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGAATGATGGTCATAGCAGTGGCGGC‑AGGA‑GTACTG‑TTTTACACCGGATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAAC‑TTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAAC > NC_000913/78288‑78777 | ccTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGAATGATGGTCATAGCAGTGGCGGC‑AGGA‑GTACTG‑TTTTACACCGGATTGATTTTATTTCATAGCCGTCTGGCg < 1:120850/251‑1 (MQ=255) 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CCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGACTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGAATGATGGTCATAGCAGTGGCGGC‑AGGA‑GTACTG‑TTTTACACCGGATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAAC‑TTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAAC > NC_000913/78288‑78777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |