| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 78,406 | A→T | G262G (GGA→GGT) | setA → | sugar exporter SetA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 78,406 | 0 | A | T | 95.9% | 125.4 / NA | 50 | G262G (GGA→GGT) | setA | sugar exporter SetA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (16/31); minor base G (1/1); total (17/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGACTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGAATGATGGTCATAGCAGTGGCGGC‑AGGAG‑TACTG‑TTTTACACCGGATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAAC‑TTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTAT > NC_000913/78160‑78650 | atTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTCGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGGTTCCTGTTGGGGACGGCAgctgggctgg > 1:68166/1‑251 (MQ=255) ccacTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAAt < 1:605853/250‑1 (MQ=255) aGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGGAGGCAGCTGGGCTGGAAATACCAGc > 1:612309/1‑251 (MQ=255) cTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTTCTGATGGGGGCGGGAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAAt > 1:603353/1‑251 (MQ=255) tGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGGGTTCTGGTGGGGGCGGCAGCTGGTCTGGGAAttacagcac > 2:11098/1‑241 (MQ=255) ggTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAATg < 2:477230/250‑1 (MQ=255) ggTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCGGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAATg < 1:283651/250‑1 (MQ=255) 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ccGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGTGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGTAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCa < 1:314032/250‑1 (MQ=255) cgcgGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGt < 1:83836/251‑1 (MQ=255) gccggcgggaaagtcgttATCAACGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTTACCTACGGTTGTTATTTTTCGCCTTGACGGTAATGTGGGCCTGCAATGCCATGTACAGTATTGACATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCGAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTTGTCTGGAAATACCAGCCATGATTGTTGCTGGCTACTATGCCAAACGTGATGGTAAGCGGCGAatg < 2:39849/234‑1 (MQ=255) 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tAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAgc < 1:87461/113‑1 (MQ=255) gAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGAATGATGGTCATAGCAGTGGCGGC‑AGGAG‑TACTG‑TTTTACACCGGATTGATTTTATTTCATAGCCGTCTGGCGTTGATGACGCTGCAAC‑TTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATg < 1:70197/251‑1 (MQ=255) ggATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGAATGATGGTCATAGCAGTgg < 1:9561/127‑1 (MQ=255) ccAGACAAACTGGCGGGGTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCCGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGGATGATGGTCATAGCAGTGGCGGC‑AGGAG‑TACTGGTTTTCCAC‑GGATTTGTTTTATTTCATAGCCGTCTGGGGTTGGTGACGATGCAAC‑TTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGGATTTGGGTGCTATGGTTTTAGGAttt > 1:632108/1‑251 (MQ=255) ggCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGAATGATGGTCATAGCAGTGGCGGC‑AGGAG‑TACTG‑TTTTACACCGGATTGATTTTATTTCATAGCCGTCTGGCGTTGATGACGCTGCAAC‑TTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGa < 1:142713/250‑1 (MQ=255) tCCTGATGGGGACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGAATGATGGTCATAGCAGTGGCGGC‑AGGAG‑TACTG‑TTTTACACCGGATTGATTTTATTTCATAGCCGTCTGGCGTTGATGACGCTGCAAC‑TTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCggg < 1:372415/250‑1 (MQ=255) ggggACGGCAGCTGGTCTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGAATGATGGTCATAGCAGTGGCGGC‑AGGAG‑TACTG‑TTTTACACCGGATTGATTTTATTTCATAGCCGTCTGGCGTTGATGACGCTGCAAC‑TTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCt > 1:244571/1‑250 (MQ=255) 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ATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGATATGCCGTTGTGGATCAGTAGCGAGTTAGGATTGCCAGACAAACTGGCGGGTTTCCTGATGGGGACGGCAGCTGGACTGGAAATACCAGCAATGATTCTGGCTGGCTACTATGTCAAACGTTATGGTAAGCGGCGAATGATGGTCATAGCAGTGGCGGC‑AGGAG‑TACTG‑TTTTACACCGGATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAAC‑TTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTAT > NC_000913/78160‑78650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |