| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 72,217 | C→T | intergenic (+102/+12) | yabI → / ← thiQ | DedA family protein YabI/thiamine ABC transporter ATP binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 72,217 | 0 | C | T | 91.4% | 238.0 / 4.7 | 81 | intergenic (+102/+12) | yabI/thiQ | DedA family protein YabI/thiamine ABC transporter ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/1); new base T (43/31); total (49/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
TTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTG‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTG‑CTCACCAGCGTCAACATCTCCTGACGTAACGCCGGATCGAGCGCAGAGAACGG > NC_000913/71972‑72462 | ttaaGTCATGATTTGTCGCGCGGCCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGGGATTGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGA‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACa < 1:53349/247‑1 (MQ=255) aagctattattTGTCGCGTGGCCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCTTCGGCGGGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATAGCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGGGATTGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGA‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCAAGCCGCATCTGACAGt < 1:684587/245‑1 (MQ=255) gtcgcgcggcggTTTGTTGTGGGTGACGCCGTTGATTTCGGCCATCGGCGTGGTGGCGCGGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGGGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGGGATTGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGA‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAAccc < 2:170254/239‑1 (MQ=255) cgcgcgGCCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGGTAAATCGCCACCCGTTTATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGGCAAGTGGTTGGGGTTTAGGGGATTGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGGGGCGCTGT‑CCGCGTCTTATACGGGCTCCAAAACGCACTGGCCGTAAGGAGGGTAAGGGGTTCACCCAGCATCCGACAGTGCAACCTAAccc > 2:485996/3‑248 (MQ=255) 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ggTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTG‑CTCACCAGCGTCAGCATCTCCTGACGTAACg > 1:588556/1‑251 (MQ=255) ggATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTG‑CTCACCAGCGTCCGCATCTCCTGACGTAACGcagg > 2:485785/1‑248 (MQ=255) gATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCAca < 2:122417/167‑2 (MQ=255) gATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCAca > 1:122417/1‑166 (MQ=255) 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TTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTG‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTG‑CTCACCAGCGTCAACATCTCCTGACGTAACGCCGGATCGAGCGCAGAGAACGG > NC_000913/71972‑72462 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |