| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 72,202 | C→T | intergenic (+87/+27) | yabI → / ← thiQ | DedA family protein YabI/thiamine ABC transporter ATP binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 72,202 | 0 | C | T | 92.4% | 210.9 / 7.1 | 80 | intergenic (+87/+27) | yabI/thiQ | DedA family protein YabI/thiamine ABC transporter ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/2); new base T (42/31); total (47/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.10e-02 | |||||||||||
AAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTG‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTG‑CTCACCAGCGTCAACATCTCCTGACGTAACGCCGGAT > NC_000913/71957‑72446 | aaagcaaccgatcGTTTAAGTCATTATTTTTCGCGCGGACGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTTGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGGGATTGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGA‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTc < 2:177059/238‑1 (MQ=255)aaagcaaccgatcGTTTAAGTCATTATTTGTCGCGCGGCCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGGGATTGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGA‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTc < 1:306171/238‑1 (MQ=255) aGCGACTGACCGTTTTAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTGGCGGCTGACGTCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCGCCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTG‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAATGCGTTCAcg < 2:287141/251‑1 (MQ=255) ttaaGTCATGATTTGTCGCGCGGCCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGGGATTGTCTTG‑TGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGA‑CCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACa < 1:53349/247‑1 (MQ=255) 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aGGCCTACAACACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTACCCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGACGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGCGTGACACCATAAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCACCTCGGG‑CTAAcc > 2:533882/1‑251 (MQ=255) aGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTG‑CTCAcc > 1:253871/1‑251 (MQ=255) aGGCCTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGGCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTG‑CTCAcc > 2:172565/1‑251 (MQ=255) cTACAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTG‑CTCACCAGCg > 1:552869/1‑251 (MQ=255) aCAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTG‑CTCACCAGCGTc < 1:419050/251‑1 (MQ=255) cAAAACGCACTGTCCGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCTGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCTGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCTTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACCACCACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCGGCATCTTCCACACTGTGTGACACCATCAATAACGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTG‑CTCACCAGCGTCa < 1:538629/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |