| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,582,442 | Δ986 bp | IS1‑mediated | [yhhZ]–[yrhA] | [yhhZ], [yrhA] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3582442 | 3583983–3583427 | 986–1542 | 44 [1] | [11] 12 | [yhhZ]–[insB6] | [yhhZ],yrhA,insA6,[insB6] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3582441 | 1 (0.020) | 41 (0.630) | 39/478 | 0.6 | 97.6% | coding (579/1179 nt) | yhhZ | putative endonuclease YhhZ |
| ? | NC_000913 | 3583428 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
TTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACTCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTGAAGGATTCAGAGATACTGCGGAAAAACTGGGTGGAGATGCAATAAAAGGCTATGATCAAATACTAAATGAAAAAACAGCGGGCATAGCGATAGCAACAGCATCTATTCTTTTAACAAAGCGTTCTAATGTTGATACATATACAGAAATAAATAGTTACTTAGGCAAACTTAGAGGTCAACAAAAACTTCTTGATGGTATAGACATAATAGAAATAATATACATTAAGAGACCTTCAAAAGACTTAGCT > NC_000913/3582193‑3582690 | ttATCGGCTATTCATCAACAGATCATTGACAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACTCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTgg > 1:496557‑M1/1‑249 (MQ=255) tATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACTCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTggg > 1:410355‑M1/1‑248 (MQ=255) aaaacAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACTCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 2:650555‑M1/250‑48 (MQ=255) aCAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCCCTGTCAACATCTTAGCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACTCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 2:410355‑M1/251‑51 (MQ=255) 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2:79197/146‑1 (MQ=255) aGTTCAGCTATTTGGCACTCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACAtt > 1:79197/1‑146 (MQ=255) agttggCACTCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaa < 1:247148‑M1/249‑115 (MQ=255) ccTGAAAATTATAACCGTTAGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGATACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTggtgatgctgccaacttactgatttagtggatgatggggtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcc > 2:415393‑M1/1‑126 (MQ=255) 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aaaaCGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTggtgatgctgccaacttactggtttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggccaccgcagttc > 2:63078‑M1/1‑66 (MQ=255) aaaCGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcac > 1:73970‑M1/1‑65 (MQ=255) aaCGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTggtgatgctgccaacttcctgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgccggggtggggcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcact > 2:249719‑M1/1‑64 (MQ=255) 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tgctgGTGGCGTATACAATGGGAACATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaccatggcaactgcagttcacttccaccgcttctcaacccggtacgcaccagaaaatc > 2:221983‑M1/1‑28 (MQ=255) ggCGTATACAATGGGAACATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacaccgcttctcaacccggtacgcaccagaaaatcattgat < 1:702138‑M1/250‑230 (MQ=255) taCAATGGGAACATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcccgtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaacagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatgtcaactgcagttcacttacaccgcttctcaacccggtccgccacagaaaatcattgatatggcc > 2:595280‑M1/1‑15 (MQ=255) aTGGGAACATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacaccgcttctcaacccggtacgcaccagaaaatcattgatatggccatga > 1:79479‑M1/1‑11 (MQ=255) tggtgatgctgccaacttactgaattagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttatatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctatcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacaccgcttctcaacccggtacgcaccagaaaatcattaatatggccatacatggcgttgg > 2:643349‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACTCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTGAAGGATTCAGAGATACTGCGGAAAAACTGGGTGGAGATGCAATAAAAGGCTATGATCAAATACTAAATGAAAAAACAGCGGGCATAGCGATAGCAACAGCATCTATTCTTTTAACAAAGCGTTCTAATGTTGATACATATACAGAAATAAATAGTTACTTAGGCAAACTTAGAGGTCAACAAAAACTTCTTGATGGTATAGACATAATAGAAATAATATACATTAAGAGACCTTCAAAAGACTTAGCT > NC_000913/3582193‑3582690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |