| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 480,295 | 2 bp→AA | coding (13‑14/219 nt) | hha ← | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 480,295 | 0 | G | A | 97.4% | 112.0 / NA | 39 | P5F (CCT→TTT) | hha | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (20/18); minor base C (1/0); total (21/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 480,296 | 0 | G | A | 100.0% | 120.1 / NA | 39 | P5F (CCT→TTT) | hha | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (21/18); total (21/18) | |||||||||||
ACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTG > NC_000913/480056‑480533 || aCAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGAc > 1:802886/1‑251 (MQ=255)aCAGACGGTTTTAGCGCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGACGACATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTAATTCATGGACAATTCGGCGAGGCGGTGATATTCGGGCGAGAAAAATACCGACAAGTCATTATGTGATAATTCGTATTTATTATTCTAGTAAACAAGCCCCAGCGTGTCATATGTCTGGGACAGACGTACACGCATTAAAAACTAGGGTTTCGTTAAAAATTTTTCGGa > 2:719052/1‑250 (MQ=255) aGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCt < 1:544825/251‑1 (MQ=255) cgtcGAAAGCGAATTGTGTATTGGGGAATAAATTTCCATATTGAGGAAGGGATTTTGGCGAACAGGTTATTCAGTGTTAATCCTGCGCGGCGGTGTACTGCGGCTTAGCAAAATCCCGCCAGTGCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCATCGTGTCAAGTGAAAGGCAACGACGTAAACGAATGAAATAATCGGTTTTCGTTGAAAATTTTTCGTATATACCTCTACCTaa < 2:165816/248‑2 (MQ=255) ccGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATgg > 1:698406/1‑251 (MQ=255) cGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGt > 1:234635/1‑251 (MQ=255) ccATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGGGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACAACGTAAACGCATTCAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTATACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAgg > 2:534773/1‑250 (MQ=255) 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cATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCAGGGGCTAAATAAAATACCTCCAGTTCATTAACTGGTAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGTCGTAAACGCAATAAATAATCGAGTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTATACCTATTGTTGTAATAATTCTAACAAGGTAAAATCCCAGGATTCTCTTTCGTACCATTGACAAAACAACGGAATaat > 1:454445/1‑249 (MQ=255) gTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGGATTTATTTTTCTCGATAAAACGCTCCATCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACATAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGGTAAAAATTTTTTGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGGAGCATTTACAAAACAATGGACTAGTcaat > 2:476751/1‑248 (MQ=255) aTTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCTTTAAAAATTTTTCGGAAATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTAGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTAcc > 1:413000/1‑251 (MQ=255) 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aTTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGAGTGTCAATTGTCTGGAAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACAt > 2:87689/1‑251 (MQ=255) ttttCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATc > 1:860079/1‑251 (MQ=255) gATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACTTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAAAAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTGCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGatat < 1:820744/251‑1 (MQ=255) 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tCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTAACTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTAtt > 2:692453/1‑251 (MQ=255) gCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCt < 1:287756/251‑1 (MQ=255) gacgTTAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGTACATACTTCTTCCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTTACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCAtt < 2:715099/251‑1 (MQ=255) 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aaaCGCATTAAATAATCGGTTTTCGTAAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCa > 2:187129/1‑244 (MQ=255) aaaCGCATTAAAAAATCGGGTTGCGTTGAAAATTTTTCGGACATACTTCTTCCTATGGTTGTAATAAGTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACt < 2:584482/251‑1 (MQ=255) aatCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAAt < 1:434075/250‑1 (MQ=255) cGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGACGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGCACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGATTATTGTCTTAATTATACTTAATTTTGTAATTa > 2:640280/1‑249 (MQ=255) gTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGCTTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCGTATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCTTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTg > 1:760778/1‑251 (MQ=255) || ACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTG > NC_000913/480056‑480533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |