| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,003,462 | C→A | A49S (GCG→TCG) | fliC ← | flagellar filament structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,003,462 | 0 | C | A | 96.5% | 235.9 / NA | 86 | A49S (GCG→TCG) | fliC | flagellar filament structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/3); new base A (35/48); total (35/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
CTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAAGACAGACGCTCGATAGAACTCGACAGCGCAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTGGTATTAATGACTTGTGCCATGATTCGTTATCCTATATTGCAAGTCGTTGATTACGTATTGGGTTTCCACCCGTCGGCTCAATCGCCGTCAACCCTGTTATCGTCTGTCGTAAAACAACC > NC_000913/2003220‑2003705 | cTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCg > 1:198879/1‑251 (MQ=255) gACCAGATAGGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGAGTGAATTTCGGCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTGAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTGCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCGCt < 2:653922/251‑1 (MQ=255) gACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTGAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGACTGACCCGCt < 1:654170/251‑1 (MQ=255) gATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTACTTTCGTCCTGGATAGCAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTATGCGCCACGGAGATCCCGTCGTTGGCTTTACGGGACGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAACGGTGAAACGGTTAGCCATCGACTGACCCGCTTCGTc > 2:348408/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |