| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,738,377 | C→T | H178H (CAC→CAT) | purR → | DNA‑binding transcriptional repressor PurR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,738,377 | 0 | C | T | 97.4% | 346.4 / NA | 120 | H178H (CAC→CAT) | purR | DNA‑binding transcriptional repressor PurR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); major base T (55/59); minor base G (1/2); total (59/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ATGCGTGGAACAATCTTGAGAAACAGCGGGCTTATCTGTCGATGATGGCGCAAAAACGCGTCGATGGTCTGCTGGTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTGCTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGA > NC_000913/1738130‑1738622 | aagCGTGGAAAAAGCTTGAGAAAACGCGGGCTTATTGGTCGATGATGGTGCAAAAACGCGTCGATTGTTTGGTGGGGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTGCTGTCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGTGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCGCCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATTGCCGGGCGTTAGCTGATTGAACGCTGTCATcgc < 2:824312/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |