| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,721,136 | C→T | L38F (CTT→TTT) | ydhI → | DUF1656 domain‑containing protein YdhI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,721,136 | 0 | C | T | 94.0% | 195.6 / ‑4.4 | 67 | L38F (CTT→TTT) | ydhI | DUF1656 domain‑containing protein YdhI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base T (35/28); total (36/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTGCGCGTAAATTTTTCGCACTTAAAGAATATTTATTAATCTAACGCAATATATTCGGTCGTAAAGGAATCTACTTTGTG‑AAGTTTATGCTCAATGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTG‑GCTTGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAACAATCATTGTAGCGGTAGTTGCGGTTCTTGCCGGATGGTGGCTGTGGAATTATTACATGCAATCTCCGTGGACACGC > NC_000913/1720891‑1721371 | aTTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTGCGCGTAAATTTTTCGCACTTAAAGAATATTTATTAATCTAACGCAATATATTCGGTCGTAAAGGAATCTACTTTGTG‑AAGTTTATGCTCAATGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTG‑GTTTGt < 1:642361/250‑1 (MQ=255) 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gtccgtcTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTG‑GTTTGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAACAATCATTGTAGCGGTAGTTGCGGTTCTTGCCGGAtg > 1:820452/1‑251 (MQ=255) ccgtcTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTG‑GCTTGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAACAATCATTGTAGCGGTAGTTGCGGTTCTTGCCGGAtgg < 1:390944/250‑1 (MQ=255) tcTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTG‑GTTTGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAACAATCATTGTAGCGGTAGTTGCGGTTCTTGCCGGAtgtgagc > 2:160087/1‑246 (MQ=255) aCTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTG‑GTTTGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAACAATCATTGTAGCGGTAGTTGCGGTTCTTGCCGGATGGTGGCt < 1:170512/249‑1 (MQ=255) ttCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTG‑GTTTGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAACAATCATTGTAGCGGTAGTTGCGGTTCTTGCCGGATGGTGGCTGTGGAATTATTACATg > 1:823195/1‑251 (MQ=255) gCATTCGCTTTTGGATTCTGCATCTG‑GTTGGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCGTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTa < 2:517076/165‑1 (MQ=255) gCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTG‑GTTTGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTa > 1:517076/1‑165 (MQ=255) gCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTG‑GTTTGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAACAATCATTGTAGCGGTAGTTGCGGTTCTTGCCGGATGGTGGCTGTGGAATTATTACATGCAAtct < 1:734710/251‑1 (MQ=255) cATTCGCGTTTGGATTCGTAATCTG‑GTTTGTA‑GTACACCGCCTGATTCGTGGCTGGATCTACGCCGGAGAAAACTGTCATACCTTGTGAATGGATTTATCGCTGTTTGAGATTAGCGTTTGACTTGCTCTGGCAATAATGCTTGCGTGGTAACTATGTCAGTTAACACAATTAAGTATTTCTCAACAATCATTGTAGCGGTAGTTGAGGTTCTTACCGGATGGCAGCAGTGGAATTTTTACATGAAAtctt > 1:490941/1‑250 (MQ=255) tCGCGTATGGATTCGTCAGCTG‑GTTTGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGAGGATGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGTCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAACAATCATTGTAGCGGTAGTTGCGGTTCTTGCCGGTTGGTGGCTGTGGAATTATTACGTGCAATATCCgg > 2:138878/1‑250 (MQ=255) 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ATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTGCGCGTAAATTTTTCGCACTTAAAGAATATTTATTAATCTAACGCAATATATTCGGTCGTAAAGGAATCTACTTTGTG‑AAGTTTATGCTCAATGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTG‑GCTTGTC‑GTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAACAATCATTGTAGCGGTAGTTGCGGTTCTTGCCGGATGGTGGCTGTGGAATTATTACATGCAATCTCCGTGGACACGC > NC_000913/1720891‑1721371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |