| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,301,992 | A→T | N271Y (AAT→TAT) | oppA → | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,301,992 | 0 | A | T | 97.1% | 198.9 / NA | 70 | N271Y (AAT→TAT) | oppA | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (44/24); minor base G (1/1); total (45/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
CAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAG‑TTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTA‑CTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACACTCCACCGTATACTGATGGCGC > NC_000913/1301747‑1302233 | cAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTAACGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGGCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAG‑TTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATAAc < 2:598257/251‑1 (MQ=255) aCCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAG‑TTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGAGGTGAAATCGCCATGACGTATAACAGCATGc > 1:316119/1‑251 (MQ=255) cGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGACACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAG‑TTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCg < 1:134116/251‑1 (MQ=255) cAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAG‑TTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGa > 1:739164/1‑250 (MQ=255) 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tGCCTATTGCTTCTGAAG‑TTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTA‑CTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGaa > 1:452536/1‑250 (MQ=255) gCCTATTGCTTCTGAAG‑TTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATAGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGACCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTA‑CTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATAATTGTTATTAACGTGat > 1:446328/1‑248 (MQ=255) tATTGCTTCTGAAG‑TTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTA‑CTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAgcgc > 1:788246/1‑251 (MQ=255) 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CAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAG‑TTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTA‑CTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACACTCCACCGTATACTGATGGCGC > NC_000913/1301747‑1302233 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |