| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,040,126 | G→T | L277L (CTG→CTT) | appB → | cytochrome bd‑II subunit 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,040,126 | 0 | G | T | 95.3% | 222.6 / 4.0 | 86 | L277L (CTG→CTT) | appB | cytochrome bd‑II subunit 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base T (37/45); total (40/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
GTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGT‑GGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTG‑ACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTA > NC_000913/1039876‑1040371 | gggtgcttcacctgcggttcaaGCTGGCGGCCAAACGCGCTGCACTGGTGGTGATGCTTTGCTTTTTGCTGTGGGGTTTTGGGCTGT‑GGGGCGGTATTGATGGTTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGGCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTg < 2:567519/230‑1 (MQ=255) gATTCAGCTGCGTTCCCAGCTGGCGCCCAAACCCGCTGCAGTGTTGGTGATGCAGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGG‑GGGTCGGTAGTTATGGCTTTGTCCTGTGCGCTGTGGATGCTAGCGGTCCTTCCAATCCGTT‑AACGAACCTGGTGGCATTGCTACCTGGTGCCGGGATGAATAATTGTGTCGAGGCGCCCGTTTTGTGGAGCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACgg < 2:536259/251‑1 (MQ=255) aTTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGT‑GGGGCGGTATTTATGGCTTTGTCATGCTCGCCCAGGGTGCTAACGGTGCTTCCGATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGGTGAATAATTTTGTCGAGTCGGCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTTTTCT‑GCCCATTGTTT‑ACGGt > 1:354678/1‑251 (MQ=255) tCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGT‑GGGTCGGTATTGATGGCTTTGTTCTGCTCGCCCCGGATGCTAACGGTTCTTCCAATCCGTT‑AATGAAAATGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCCGGGTGTATAATTTTTTCGAGTCGCCCGTTTTTTTGATCTTCCCCCTGCCGGGTTTTTTTT‑GCCCATTGCTT‑ACggggg > 2:135001/1‑248 (MQ=255) tCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGT‑GGGTCGGTATTGATGGCGTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACGGTg < 2:386474/250‑1 (MQ=255) gcgtctacgtcTGGCGACCAAACGCGCTGAACTGGTGGTGGAGCGGGTCCTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGT‑GGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCACGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACGGTGATg < 2:191703/237‑1 (MQ=255) gCTGTCGACCAAGCGCGCTGTGATGTTGTTGTTGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGT‑GGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAAGCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCTCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACGGTGATGGCGATTTATCGTg < 2:565113/251‑1 (MQ=255) cTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGT‑GGGTCGGGATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGGGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCCTTGATT‑ACGGTGATGGCGATTTATCGTgg > 1:674320/1‑251 (MQ=255) cGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGT‑GGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGc < 1:238752/251‑1 (MQ=255) tGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGT‑GGGTCGGTATTGATGGCTTTATACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAAATGGTGGCAGGGCTACATGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGGGTCGCCCGGTTTGTGGTTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGGTGGGGGGTTTTGATg > 1:796206/1‑251 (MQ=255) ggTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTTGCTGT‑GGGTCGGGATTGTTGGCTTTTTTCTGCTCGCCCCGGGTGCTCACGGTTCTTCCCAACCGTT‑AATGAAAATGGTGGCAGGGCTACCTGGGGCCTGGGAGTATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTACTGGGATTTTTCTTGCCC‑TTGCTT‑TCGGTGGTGGCGATTTATAGTGGTCGCCCGGGGTGGGGGTTTTTGTTgg > 2:560824/1‑251 (MQ=255) gTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGT‑GGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGc > 1:258504/1‑251 (MQ=255) gCTGTGCTTTTTGCTGTCGGGTTTCTGGATGT‑GGGTTGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGcatcat < 2:213464/251‑1 (MQ=255) 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gt‑gGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACg > 2:16705/1‑169 (MQ=255) gt‑gGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACg < 1:16705/169‑1 (MQ=255) gt‑gGGTCGGTATTGAAGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTTCCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCTCggca < 2:811113/250‑1 (MQ=255) t‑gGGTCGGTATTGATGGATTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTT‑AATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTTTCGCGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCT‑GCCCATTGCTT‑ACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGTGTTGGGGATTTTTGCTGGCATCAGTGCTGCAATTTGGCGTGATTTTCACtgcagg > 2:447190/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |