| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 968,837 | G→A | D158N (GAT→AAT) | lpxK → | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 968,837 | 0 | G | A | 97.1% | 195.5 / NA | 69 | D158N (GAT→AAT) | lpxK | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (18/49); minor base C (2/0); total (20/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.10e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGT‑AACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGG‑AAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGC > NC_000913/968593‑969083 | gaTTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGTCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGAGTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGT‑AACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAAtgtg < 1:805083/249‑1 (MQ=255) tGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGGGGTGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAACCATTTTGGAGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGT‑AACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGTGG‑GAATTGTc > 1:68059/1‑251 (MQ=255) ggcGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGAGTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGT‑AACCGACTACGGTTTACAGCATTACCGGCTGGCGCGTAATGTGG‑AAATTGTCGTTAt < 2:49996/249‑1 (MQ=255) gTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGAGATGAACCTGTGTTGATTTATCAAACCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCCTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTTGCGCAACACCCTGCTTTGTAGATCATCGT‑AACCGGAGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGTGG‑GAATTGTCGTTATTgt > 1:842961/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |