| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 313,543 | G→A | intergenic (‑301/‑1748) | ykgR ← / → insE1 | putative membrane protein YkgR/IS3 element protein InsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 313,543 | 0 | G | A | 96.9% | 196.1 / NA | 64 | intergenic (‑301/‑1748) | ykgR/insE1 | putative membrane protein YkgR/IS3 element protein InsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (28/34); minor base C (2/0); total (30/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTCAGTTCCGGGAATGAGTCTGATCTCAAGACTGGCCCAGTCCGGGCGTTGATTGGTGCTGAGGAGCATATCGCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTGGGAGAGGAATTGAGTTCTATTAAACCGTCAACTATGCCGGATACATACTGGATTACACTGCAGGCACGCCTTATGAGAGAACGTGCCGCAGTGACGGGTTAATTATCTGAAAGAATTTGTGAGGCTGTATCGGTTACTCATTGATTTGATAGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTT > NC_000913/313300‑313788 | gAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGAAGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTCAGTTCCGGGAATGAGTCTGATCTCAAGACTGGCCCAGTCCGGGCGTTGATTGGTGCTGAGGAGCATATCGCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTGGGAGAGAAATTGAg < 2:274960/251‑1 (MQ=255) 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GAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTCAGTTCCGGGAATGAGTCTGATCTCAAGACTGGCCCAGTCCGGGCGTTGATTGGTGCTGAGGAGCATATCGCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTGGGAGAGGAATTGAGTTCTATTAAACCGTCAACTATGCCGGATACATACTGGATTACACTGCAGGCACGCCTTATGAGAGAACGTGCCGCAGTGACGGGTTAATTATCTGAAAGAATTTGTGAGGCTGTATCGGTTACTCATTGATTTGATAGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTT > NC_000913/313300‑313788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |