| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 92,810 | T→C | T466T (ACT→ACC) | ftsI → | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 92,810 | 0 | T | C | 98.7% | 263.6 / ‑4.7 | 79 | T466T (ACT→ACC) | ftsI | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (45/33); total (45/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.39e-01 | |||||||||||
AAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCATTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACTGTGGTG‑CATATGATGGAAAGCGTGGCGCTACCAGGCGGCGGCGGCGTGAAGGCGGCGATTAAAGGCTATCGTATC‑GCCATTAAAACCGGTACCGCGAAAAAGGTCGGGCCGGACGGTCGCTACATCAATAAATATATTGCTTATACCGCAGGCGTTGCGCCTGCGAGTCAGCCGCGCTTCGCGCTGGTTGTTGTTATCAACGATCCGCAGGCGGGTAAATACTACGGCGGCGCCGTT > NC_000913/92571‑93047 | aaaGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCGTTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACCGTGGTG‑Catat > 1:793502/1‑251 (MQ=255) aaGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCGTTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACCGTGGTG‑CATatg < 1:589073/251‑1 (MQ=255) cGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGTTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGATATAGAGAGGGCTACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCGTTACAGTTAGCGAGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTAACAAAGTTGACCCCACGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTTTCCGCACCGTGGTG‑GATatgatg < 2:779475/251‑1 (MQ=255) cGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCGTTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACCGTGGTG‑CATatgctg > 1:596559/1‑248 (MQ=255) 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< 2:714135/205‑1 (MQ=255) aaTGGTAACACCGTTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCGACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACCGTGGTG‑CATATGATGGAAAGCGTGGCGCTACCGGGCGGCGGCGGCGTGAAGGCGGCGATTAAAGGCTATCGTATC‑GCCATTAAAACCGGTACCGCGAAAAAGGTCGGGCCGGAc < 1:648208/250‑1 (MQ=255) ggTAACACCGTTACAGTTAGCGCGAGGCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCTCTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACCGTGGTG‑CATATGATGGAAAGCGTGGCGCTACCGGGCGGCGGCGGCGTGAAGGCGGCGATTAAAGGCTATCGTATC‑GCCATTAAAACCGGTACCGCGAAAAAGGTCGGGCCGGACGGt < 2:868767/250‑1 (MQ=255) ccgttACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACCGTGGTG‑CATATGATGGAAAGCGTGGCGCTACCGGGCGGCGGCGGCGTGAAGGCGGCGATTAAAGGCTATCGTATC‑GCCATTAAAACCGGTACCGCGAAAAAGGTCGGGCCGGACGGTCGCTACAt < 1:378726/248‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |