| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 92,327 | G→T | P305P (CCG→CCT) | ftsI → | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 92,327 | 0 | G | T | 97.9% | 289.3 / ‑2.5 | 95 | P305P (CCG→CCT) | ftsI | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (44/48); total (44/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
CTACTGACAGCCAGGCAGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAACGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCGGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTAATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGAAAACTCGGTACTCAATACCATTCCTTATCGAATTAACGGCCACGAAATCAAAGACGTGGCACGCTACAGCGAATTAACCCTGACCGGGGTATTACAGAAGTCGAGTAACGTCGGTGTTTCCAAGCTGGCGTTAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTG > NC_000913/92080‑92567 | ctACTGACAGCCAGGCTGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGCTGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGAGTTTGAACCTGGc > 1:466383/1‑251 (MQ=255) tACTGACAGCCAGGCTGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGCACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACACCCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGACAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGcc > 2:873155/1‑250 (MQ=255) tGACAGCCAGGCTGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCa > 2:225781/1‑250 (MQ=255) gACAGCCAGGCTGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑Ac > 1:203859/1‑251 (MQ=255) gACAGCCAGGCAGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAAAAACGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTTGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCGGGCTCa‑a < 1:181024/250‑1 (MQ=255) gCCAGGCTGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGtt > 1:186193/1‑251 (MQ=255) ctgcgcACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCg > 1:13187/3‑251 (MQ=255) gcgcACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGAt < 1:225781/251‑1 (MQ=255) cgcACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGAtg > 1:626952/1‑251 (MQ=255) gcACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGAtgg < 1:335035/251‑1 (MQ=255) acaACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATAGCGCACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGAGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGACGGCTAACAGCCCGTCCTACAACCCTAACAATCTGAGCGGCAAGACGAAAGCGGCGAAGCGTACACGTACCATCACCTACGTGTTTGGACCTGGC‑CACACGCATAAACCGAtggtg > 2:448122/1‑251 (MQ=255) aCCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATggtggtg > 1:416081/1‑250 (MQ=255) ccTGGCGCTGAGTATTGATGAACGTCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGGGGTGGCCTCTAACAAGGCTGAATCTGGGAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGTCGATGGCTAACAGCCCTTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCTATggtggtga < 2:134943/251‑3 (MQ=255) 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gAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATAGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGTCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGt < 1:486649/251‑1 (MQ=255) tATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGAGGCCGTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGAGGCGTAACCGAACCATCACCGGCGTGATTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAAACGACGGAGGGGATGACCGCGGTGc > 2:199840/1‑251 (MQ=255) aTTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGc < 2:13187/250‑1 (MQ=255) 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gcgcTGGTTTATCGCGAACTTAACAATGCGCTGGCCTTTAACAAGGCGGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATCCAACCCTCACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAACGGCGATGCGTACCCGTACCATCACCGACGTGTTTTCACCTGGCTCA‑ACGTTGCAAACGCTGGTGTTGATGACCGCTTTGCAACGTTGCGTTGTGCggg > 2:722014/1‑250 (MQ=255) tGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGAAAAc > 2:671021/1‑251 (MQ=255) ggTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGaaaa < 2:623420/249‑1 (MQ=255) 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aTCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGAAAACTCGGTa < 1:818128/251‑1 (MQ=255) cgcgAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTTGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGAAAACTCGGTACt > 1:88216/1‑251 (MQ=255) ggaatcgAACAATGCGGTTGCCTATAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGTATGTCAACCCCGTGGAGGTGCTGCTGATTGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTTACAATCTGACCGGCACGCCGCAACAGTCGATTCGTATCTGTTCCATCGCCGACGTGGTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAATCGATGGTGGTGATGACCGCTTTGCAACGTGGCGTGGTGCGTGAAAACTCGTTACTCa < 2:658459/245‑1 (MQ=255) gAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGAAAACTCGGTACTCaa < 1:786564/251‑1 (MQ=255) gAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGAAAACTCGGTACTCaa < 1:764078/251‑1 (MQ=255) gAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGAAAACTCGGTACTCa > 1:269900/1‑250 (MQ=255) aaCTGAACGATGCGGTGTACTTTAACAAGGGTGTAGCTGGTATCGCCGTGCTGGCGGATGTCAACACCGGCGAAGGTCTGGCGAGTGCTAACAGCCCGTTATACAACCCTAACAATCGGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCACCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGAAAACTCGTTACTCAAt < 2:160689/251‑1 (MQ=255) atgcgGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGAAAACTCGGTACTCAATACCATTCCt < 1:271657/249‑1 (MQ=255) ggcgGTGGACTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGGGGATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCA‑ACGGTTAAACCGATGGTGGTGATGACCGCGTTGCAACGTGGCGTGGTGCGGGAAAACTCGGTACTCAATACCATTCCtt < 2:771666/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |