| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,996,049 | T→A | L156* (TTG→TAG) | yigA → | DUF484 domain‑containing protein YigA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,996,049 | 0 | T | A | 98.2% | 661.3 / NA | 225 | L156* (TTG→TAG) | yigA | DUF484 domain‑containing protein YigA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); major base A (105/112); minor base C (4/0); total (112/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.75e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCAC‑TATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGA‑TCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGGGCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGAT > NC_000913/3995804‑3996295 | gAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGAAATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTAGCGCTTAGGTGTGCCGTCGAACCACCCTCATCTGGCATTAAGCCGTAAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATACCGCGTTAGGGGCATGAAc > 2:87319/1‑250 (MQ=255) 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cgacgaTATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCGCGGCCTGGCAGGGGAGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCAC‑TATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGA‑TCGGTGGc < 2:531569/249‑1 (MQ=255) gacgaTATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGACTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCAC‑TATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGA‑TCGGTGGCGAt > 1:698734/1‑251 (MQ=255) tGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCAC‑TATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGA‑TCGGTGGCGCTGTCGATg > 1:853352/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |