| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 89,754 | T→C | Y41H (TAT→CAT) | mraZ → | DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,754 | 0 | T | C | 97.8% | 308.8 / ‑2.5 | 93 | Y41H (TAT→CAT) | mraZ | DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (57/33); total (57/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
CCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCA‑GCGCCTAC‑TGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCGGGCTGACAAAAGAAGTGATGCTGGTTGGACAGTTCAACAAGTTTGAGCTGTGGGATGAA > NC_000913/89509‑89999 | ccGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCAc > 1:170832/1‑251 (MQ=255) aCATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCACCCGTGc > 1:99197/1‑251 (MQ=255) aTCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATAACCCGTGCct > 1:514773/1‑251 (MQ=255) aTCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCATTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGGAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGCATAAGGGGTGAGGCTGGCATGATCCGGGGGG‑CAACGTTAATCAATCTCGACAGCAAGGGGCGCTTATCAGTGCCTAACCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACACTGCCGGCCCAATGGTATGCACCCTTGACATTCATCACCCGTGccc > 2:549007/1‑250 (MQ=255) cGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCCTTTACTCCGCTACGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAAATGTGGGGC‑AACGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTAGCATGTTTCGGGAAGACAA‑GTTAGTCAAACTCGAAAGCAAAGGGCGCTTATCAGAGCCTACCCGTTCCCGGGCACAGCTGATTCAGAAAGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACAATTGACATTCATTACCCGAGccagt > 2:848660/1‑248 (MQ=255) tttttACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCACCCGTGCCTGCTGCtt > 1:569446/1‑251 (MQ=255) aCCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTAccc < 1:594036/251‑1 (MQ=255) cTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGCCATTCATCACCCGTGCCTGCTGCTTTAccccc > 2:704873/1‑251 (MQ=255) gTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCAGCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCcctgcc < 1:275766/251‑1 (MQ=255) aTGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCcctgcctg > 1:146283/1‑251 (MQ=255) 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aaCTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCa < 1:556613/251‑1 (MQ=255) ccgttCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTTCCGGTCAAACGGTTTGCACCATTGACATTCATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCa < 2:450863/244‑1 (MQ=255) ccTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCa > 1:450863/1‑247 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |