| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 89,699 | T→C | Y22Y (TAT→TAC) | mraZ → | DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,699 | 0 | T | C | 98.8% | 269.9 / NA | 85 | Y22Y (TAT→TAC) | mraZ | DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base C (51/31); minor base A (1/0); total (52/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
CATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCA‑GCGCCTAC‑TGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCG > NC_000913/89454‑89940 | cATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGa < 1:553308/251‑1 (MQ=255) tAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAAc > 1:437964/1‑251 (MQ=255) aCGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTTATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAg < 1:804025/251‑1 (MQ=255) tttGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTg > 1:237163/1‑251 (MQ=255) ttGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTg < 1:327949/250‑1 (MQ=255) gctgcGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTgaga < 1:850827/247‑1 (MQ=255) aCGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGc > 1:456539/1‑251 (MQ=255) 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cGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCCTTTACTCCGCTACGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAAATGTGGGGC‑AACGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTAGCATGTTTCGGGAAGACAA‑GTTAGTCAAACTCGAAAGCAAAGGGCGCTTATCAGAGCCTACCCGTTCCCGGGCACAGCTGATTCAGAAAGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACAATTGACATTCATTACCCGAGccagt > 2:848660/1‑248 (MQ=255) tttttACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCACCCGTGCCTGCTGCtt > 1:569446/1‑251 (MQ=255) aCCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGC‑AAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTAccc < 1:594036/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |