| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,543,877 | G→A | P237P (CCG→CCA) | rpnA → | recombination‑promoting nuclease RpnA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,543,877 | 0 | G | A | 96.2% | 243.2 / 1.2 | 80 | P237P (CCG→CCA) | rpnA | recombination‑promoting nuclease RpnA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (27/48); total (29/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
TGATGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAA‑GGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCAT‑ATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTG‑CAGACATCATGCGCTTTACCGGGCTGTCAGAAGAAGAGTTGGCTGCGGCGAGTCAGTAAAGTTCTGTCTCGCCATTTCAAAAGCCACCTACACCCTCTGCTTCAACGCCACCAGCAGGTGACAAAACTCGGCCGG > NC_000913/3543637‑3544121 | tgatGTCGCCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTAAGGCGCTTCTGGAGGTAATTCAAAAACATATGCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTGTATCGACGGCTTTGCCGAACTTTCACCAAAACACAA‑g < 2:495761/250‑1 (MQ=255) atGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAA‑gg > 1:51496/1‑249 (MQ=255) atGTCACCGGCATGCCTGATGATGAAAGCATGCAGCACCGTCGCATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTTGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAA‑Gga < 1:402087/250‑1 (MQ=255) cACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAA‑GGAGAGt < 1:570328/250‑1 (MQ=255) gTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTAAATACTGCAAACTGGCAACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAA‑GGAGAGTTTAAt > 2:147538/1‑251 (MQ=255) gCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAA‑GGAGAGTTTAATGACt < 1:84229/250‑1 (MQ=255) gCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAA‑GGAGAGTTTAATGACTa < 1:507655/251‑1 (MQ=255) 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TGATGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAA‑GGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCAT‑ATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTG‑CAGACATCATGCGCTTTACCGGGCTGTCAGAAGAAGAGTTGGCTGCGGCGAGTCAGTAAAGTTCTGTCTCGCCATTTCAAAAGCCACCTACACCCTCTGCTTCAACGCCACCAGCAGGTGACAAAACTCGGCCGG > NC_000913/3543637‑3544121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |