| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,436,697 | G→A | E60E (GAG→GAA) | trkA → | NAD‑binding component of Trk potassium transporters |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,436,697 | 0 | G | A | 97.6% | 231.0 / NA | 84 | E60E (GAG→GAA) | trkA | NAD‑binding component of Trk potassium transporters |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base A (45/35); minor base C (2/0); total (48/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCG‑ATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATC > NC_000913/3436451‑3436935 | cGAAGAGGGCGACGGCTTCTTGTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAg < 2:422014/251‑1 (MQ=255) gagGGCGACTGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGc < 1:359511/251‑1 (MQ=255) gACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCCTGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCcgacg > 1:742941/1‑250 (MQ=255) gACGGATTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGAGGGAAGCAGGTGCcggcgg > 2:803107/1‑247 (MQ=255) gCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCCTCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGcc > 1:483818/1‑251 (MQ=255) gCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCAAGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGcc > 1:84244/1‑251 (MQ=255) ttttACGCTAAGCTAATCAAAAATTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAAGTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGata < 2:716085/250‑1 (MQ=255) cGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTgg > 1:600761/1‑251 (MQ=255) cGCTAAGCTAATCAAAAAGGGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTgg > 1:774382/1‑251 (MQ=255) ttaagctaaTCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGAGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCCACGGTGAGCGTCGGCGGACATTCCAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCCGGGGCATGGCTCTCATCCATGCGTATTGCGGGCAGTAGGTGCcgccacagccgatctgctgatt > 2:16436/2‑231 (MQ=255) 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cGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAat > 1:69679/1‑250 (MQ=255) gggTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAatat < 1:803107/251‑1 (MQ=255) gggTCGCGAATGATGAAAATTATCATTCTGGGTGAAGGCCAGGTTGACGGCAAACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCAAGAACAACGATCTTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGCACTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCAACGCGTATTGCGGGAAGCCGGTGACGACGCCGCCGAATTGCTGGTTGCTGTCACCAGTTCAGCAGACACCAatat > 1:82160/1‑251 (MQ=255) gTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGTCCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATgg < 1:625937/251‑1 (MQ=255) gTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATgg > 1:477665/1‑251 (MQ=255) gACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATCTGGTtgcc > 2:209190/1‑251 (MQ=255) 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gggtccGGCCAGGTTGGCGGCACCCTGGCGGAAAACCTGGTTGGCTAGAACATCGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGTAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATAAGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACtttt < 2:121262/247‑1 (MQ=255) cAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACATGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTgg < 2:751902/181‑1 (MQ=255) cAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTgg > 1:751902/1‑181 (MQ=255) cggcACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAatcgc > 1:847411/1‑250 (MQ=255) 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cgTAGTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCG‑ATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATc < 1:569036/251‑1 (MQ=255) | CGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCG‑ATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATC > NC_000913/3436451‑3436935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |