| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,367,944 | G→A | A40T (GCG→ACG) | yhcG → | DUF1016 domain‑containing protein YhcG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,367,944 | 0 | G | A | 96.8% | 191.6 / NA | 65 | A40T (GCG→ACG) | yhcG | DUF1016 domain‑containing protein YhcG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base A (27/33); minor base C (1/1); total (29/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAGCTAATCAAGCGACTATCAAAGGATTTATGTCTAAGGTATAAGCGTGGGTTCTCTGCAAAAAACTTACGCCAAATGAGGCTTTTTTACCTCTTTTTTCAACATGTTGAAATTCACCAGACAATGTCTGGCGAATTAACACCATTGGGAATTCCGCAGACAC > NC_000913/3367697‑3368181 | gTTTCAGGAAATCTCTTCGCATATCTTGGTGAAAGCAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACCCCCCAGAGTATAGCACAGTCCATTATTCAACTGAGCTCCAGATAAAGGGACAGATAATGGAATCGATCTCAGAAGGAACCTCAGCAGGCTGCCAGCAAATCCACGACGTTATTAGTCATCTGGGCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTTATGACCACGa < 2:524783/251‑1 (MQ=255) 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tatctcgTTAATGATCCCGACGTACCAGGAAAGTGGGCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAGCTAATCAAGCGACTATCAAAGGACTTATGTCTAAGGTATAAGCGTGGGTTCTCTGCAAAAAACTTCCGCCAAATGAGGCTGTTTTTCCTCTTTTTTCAACATGGTGAAATTCCCCAGACAATGTCTGGCGAATTAACATCATTGCGAATTCCGCAg < 2:412085/245‑1 (MQ=255) aaCGCGTTAATGACCACGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAGCTAATCAAGCGACTATCAAAGGATTTATGTCTAAGGTATAAGCGTGGGTTCTCTGCAAAAAACTTACGCCAAATGAGGCTTTTTTACCTCTTTTTTCAACATGTTGAAATTCACCAGACAATGTCTGGCGAATTAACACCATTGGGAATTCCGCAGa > 1:795670/1‑250 (MQ=255) cgcgTTAATGACCACGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAGCTAATCAAGCGACTATCAAAGGATTTATGTCTAAGGTATAAGCGTGGGTTCTCTGCAAAAAACTTACGCCAAATGAGGCTTTTTTACCTCTTTTTTCAACATGTTGAAATTCACCAGACAATGTCTGGCGAATTAACACCATTGGGAATTCCGCAGacac > 1:93978/1‑251 (MQ=255) taaggACCACGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGTCCAGGGCTGCGTATGGTTCGCAGCTAATCAAGCGACTATCAAAGGATTTATGTCTAAGGTATAAGCGTGGGTTCTCTGCAAAAAACTTACGCCAAATGAGGCTTTTTTACCTCTTTTTTCAACAGGTTGAAAt < 2:488112/192‑1 (MQ=255) tAATGACCACGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAGCTAATCAAGCGACTATCAAAGGATTTATGTCTAAGGTATAAGCGTGGGTTCTCTGCAAAAAACTTACGCCAAATGAGGCTTTTTTACCTCTTTTTTCAACATGTTGAAAt > 1:488112/1‑196 (MQ=255) | GTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAGCTAATCAAGCGACTATCAAAGGATTTATGTCTAAGGTATAAGCGTGGGTTCTCTGCAAAAAACTTACGCCAAATGAGGCTTTTTTACCTCTTTTTTCAACATGTTGAAATTCACCAGACAATGTCTGGCGAATTAACACCATTGGGAATTCCGCAGACAC > NC_000913/3367697‑3368181 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |