| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 89,570 | A→C | intergenic (+538/‑64) | cra → / → mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 89,570 | 0 | A | C | 93.3% | 192.2 / ‑0.8 | 61 | intergenic (+538/‑64) | cra/mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base C (35/21); total (37/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGC > NC_000913/89323‑89805 | gACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTAGTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCTGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCt < 1:126034/251‑1 (MQ=255) 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tgACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCTGCTCAGTAAACTCCTTTCAGTGGTAAATGGGGGGGCAAAGTGGGAAGAAGGGGTGAGGCTGGCATGGTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGATCGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCAACATTGACATTCATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATgtga < 2:487235/250‑4 (MQ=255) tgACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGa > 1:668092/1‑250 (MQ=255) gACTGGCTTGACAAGATTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCCCCAGTGACATTCATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGaaa < 1:665520/251‑1 (MQ=255) ttgtcAAGATTTTCCTCCGCTCCGTAAAATCCTTTCAGTGTGAAATTGTTGGTCATAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAACAAAGGGTGCTTATCAGTGACTACCCGTTACAGGGAACAGCTGCTAGGAAACACTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCATACGCGCCTGCTGATTTACCCTCTTCCAGAATGGGCAATTCTCg > 2:610764/5‑250 (MQ=255) gACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGc < 1:865544/251‑1 (MQ=255) ttttCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAgctg < 2:151417/150‑1 (MQ=255) ttttCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTACCGGGAACAgctg > 1:151417/1‑150 (MQ=255) | GACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAG‑CAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGC > NC_000913/89323‑89805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |