| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,905,825 | C→T | Q39* (CAA→TAA) | ygcG → | TPM domain‑containing protein YgcG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,905,825 | 0 | C | T | 98.3% | 190.1 / NA | 59 | Q39* (CAA→TAA) | ygcG | TPM domain‑containing protein YgcG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (26/32); minor base A (1/0); total (27/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCA‑TACTAATGTTCAC‑TTTCGTATGTTCCTTTGTTGCAGCCCAACCAACTATTGTCCCACAATTACAGCAACAAGTTACGGATCTTACGAGTAGCTTAAACTCACAAGAAAAGAAAGAACTGACGCACAAGTTAGAATCTATTTTCAATAATACCCAAGTGCAAATTGCCGTATTAATTGTTCCCACAACCAAAGACGAGACAATTGAACAATATGCTACAAGAGTTTTTGACAATTGGCGTTTAGGAGATGCCAAACGTAATGATGGGATACTGATCGTTGTTGCCTGGTCGGATCGCACTGTCCGCATCCAGGTAGGTTATGGGCTGGAAGAAAAGGTAACCGATGC > NC_000913/2905583‑2906069 | aTTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCA‑TACTAATGTTCAC‑TTTCGTATGTTCCTTTGTTGCAGCCCAACCAACTATTGTCCCACAATTACAGCAACAAGTTACGGATCTTACGAGTAGCTTAAACTCATaagaaa > 2:379527/1‑249 (MQ=255) 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tAAACTCATAAGAAAAGAAAGAACTGACGCACAAGTTAGAATCTATTTTCAATAATACCCAAGTGCAAATTGCCGTATTAATTGTTCCCACAACCAAAGACGAGACAATTGAACAATATGCTACAAGAGTTTTTGACAATTGGCGTTTAGGAGATGCCAAACGTAATGATGGGATACTGATCGTTGTTGCCTGGTCGGATCGCACTGTCCGCATCCAGGTAGGTTATGGGCTGGAAGAAAAGGTAACCGAt > 1:393891/1‑251 (MQ=255) caCTCATAAGAAAAGAAAGAACTGACGCACAAGTTAGAATCTATTTTCAATAATACCCAAGTGCAAATTGCCGTATTAATTGTTCCCACAACCAAAGACGAGACAATTGAACAATATGCTACAAGAGTTTTTGACAATTGGCGTTTAGGAGATGCCAACAGTAATGATGGGATACTGATCGTTGTTGACTGGTCGGATCGCACTGTCCGCATCCAAGTAGGTTATGGGCTGGATGAAAAGGTAAACGATGc > 2:720040/2‑251 (MQ=255) aaCTCATAAGAAAAGAAAGAACTGACGCACAAGTTAGAATCTATTTTCAATAATACCCAAGTGCAAATTGCCGTATTAATTGTTCCCACAACCAAAGACGAGACAATTGAACAATATGCTACAAGAGTTTTTGACAATTGGCGTTTAGGAGATGCCAAACGTAATGATGGGATACTGATCGTTGTTGCCTGGTCGGATCGCACTGTCCGCATCCAGGTAGGTTATGGGCTGGAAGAAAAGGTAACCGATGc > 1:852281/1‑251 (MQ=255) | ATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCA‑TACTAATGTTCAC‑TTTCGTATGTTCCTTTGTTGCAGCCCAACCAACTATTGTCCCACAATTACAGCAACAAGTTACGGATCTTACGAGTAGCTTAAACTCACAAGAAAAGAAAGAACTGACGCACAAGTTAGAATCTATTTTCAATAATACCCAAGTGCAAATTGCCGTATTAATTGTTCCCACAACCAAAGACGAGACAATTGAACAATATGCTACAAGAGTTTTTGACAATTGGCGTTTAGGAGATGCCAAACGTAATGATGGGATACTGATCGTTGTTGCCTGGTCGGATCGCACTGTCCGCATCCAGGTAGGTTATGGGCTGGAAGAAAAGGTAACCGATGC > NC_000913/2905583‑2906069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |