| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,748,396 | G→A | A145A (GCG→GCA) | ypjD → | cytochrome c assembly family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,748,396 | 0 | G | A | 97.1% | 271.8 / NA | 105 | A145A (GCG→GCA) | ypjD | cytochrome c assembly family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (49/51); minor base C (2/1); total (52/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AGCCTGCTGAACGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGCGTGGTGCTGCTAACGCTCACGCTTTGCACTGGCCTGTTCTACATGCACAACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGAC > NC_000913/2748151‑2748640 | aGCCTGCTGAACGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGCTGCTGGGGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCCCGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGcc > 2:735712/1‑250 (MQ=255) ctgctgAACGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACt > 1:456284/1‑251 (MQ=255) ctgctgAACGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTATCGCAATCGTGGCTGGCTGATGCTACCCATTGTCTATGCATTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCAATGCAACt > 1:865026/1‑251 (MQ=255) ttgAACGTTGGGTAATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTGTCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCCTGCCCAGTGAATACATCACACATCTGGATGCAACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTGTCGCTCTTTTCCTATGCCCCGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCacatggc > 2:250639/2‑245 (MQ=255) gaaagTTGGTTCAGTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTACTGACCATTGTGGCTTCTCGAAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGACTTTGCGCTTTTCAACCTGGCGCTTGCACCCTGAATGACCAATTAATACATCAACCATCTGGCAGCTAGGCCTGGGATGCTAGTGAACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTCTTCCACCCTACTTATCGCGTCCCTGTACTCCCTACAACTgggct > 2:858739/5‑248 (MQ=255) aCGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGTCGTgg < 1:239415/251‑1 (MQ=255) aCGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCAATGCAACTGGCGTgg > 1:825323/1‑251 (MQ=255) cGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTgg > 1:762817/1‑250 (MQ=255) gTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTGCGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGgat < 1:640795/251‑1 (MQ=255) ttGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCACTGAATACATCACCAATCTTGAAGCTACGCCTGGTATGCTGGTACACCTTGTCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCCCTGCAACTGGCGTggctt > 2:249953/1‑248 (MQ=255) tGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGgatt < 1:770125/250‑1 (MQ=255) ggTTCATTGGTCATGGTGTTGATCTGTTCGGTAAAGACCATTGTGGCTTCTCGCCATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCCTTGGCTATGCCTTTGCGCTGATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACGGCAACTGGCGTGgattg < 2:423194/250‑1 (MQ=255) gTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGgattgat < 1:56325/251‑1 (MQ=255) gcATTGGTCCGTCTGATGATCTTAACGGTAATGGCTATTTGGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGTTGCTCCCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCATCCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTTGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTTGCTTATCGTTCTTGTCCTATGCCACGCTAATTCTCGCCGCCCTGTACACCCTGCAACTTGCGTGgattgatt < 2:190544/249‑1 (MQ=255) aTTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTAcc < 1:615170/251‑1 (MQ=255) cAGTTGGATGACTTGTACGGTAATGCCCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCGACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTGCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTAGCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTga < 2:66847/251‑1 (MQ=255) 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gatgatCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAAc > 2:322529/1‑250 (MQ=255) tgatCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACa > 1:296456/1‑249 (MQ=255) gatCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaag < 1:102127/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |