| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 89,321 | A→G | intergenic (+289/‑313) | cra → / → mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,321 | 0 | A | G | 88.2% | 138.2 / 7.0 | 52 | intergenic (+289/‑313) | cra/mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/3); new base G (24/21); total (28/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
GTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCC > NC_000913/89076‑89567 | gTAGAGTACGGGAATGGACATCAATATCCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGCAACAGGGACt < 1:818029/251‑1 (MQ=255) ccatatCCTTAAAGTAAATAAGACTAGTCCTGACTATTATTGATATGTTCTTTTAAACCCGCCCGTTAAGTAACTCACCAGATGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCCCTGTTCTTTGCTTTTGCGCTAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTc < 2:226494/249‑1 (MQ=255) atatCCTTCAAGTAAATAAGACTATTCCTGCCTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGACCGTTAATTAAATCACCAGCTGCAATTAACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGAGATGAATAACCGATTTAACAAGCACTTTTCTTTCCTTTTGCGCAAACCCGCTAGCATCAAGCGCCACACAGACGCAACATGGACTGTTAACCGGGAAAGatatttgct > 2:80093/1‑246 (MQ=255) atccTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCTCCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTa < 1:690524/247‑1 (MQ=255) aaTAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTcgc > 1:871222/1‑251 (MQ=255) tCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTACCAAGCACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACATACGCAACAGGGCCTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTcgcaggaacgga > 2:873789/1‑240 (MQ=255) tCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTcgcg < 1:873789/241‑1 (MQ=255) 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1:546951/1‑240 (MQ=255) taattaaCCCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACATCGTGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCACTTGTCTTTGCTTTTGCGCAATCCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAATATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGCCACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGt < 2:546951/240‑1 (MQ=255) gCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTTCCGATTTAACAAGCACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATTTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACg < 1:604355/251‑1 (MQ=255) gCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGATTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATAAAGCGCCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACg > 1:818669/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |