| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,531 | 0 | C | T | 27.8% | 57.4 / 10.9 | 37 | H32Y (CAT→TAT) ‡ | yidX | putative lipoprotein YidX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/15); new base T (10/0); total (21/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCAC > NC_000913/3875292‑3875781 | gttatataaTTTATAGCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGACGGGAAAAAATCTGAAAAAGAATATCAGGCGCTAAGCAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTGCAACGGCTGAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTTAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCTTACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAg < 1:530492/244‑1 (MQ=255) cacaAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGTTTTCCTTTACCGAAAAGGGTAGTTCAGGaa > 1:864823/1‑248 (MQ=255) agaccAATTCATAAAAAAATGACATTCGTCGGTCAGAAATCATAAAAAGGATAACAGGAGCTAAACATGAGGGAAAGAAGAGTATGCGTTCAACGGCTTAACTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAAATTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATc < 1:253839/247‑1 (MQ=255) tGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTCTTTTGCTTTAACGAAAAGGGAAGTTCAGGAAAGAATCAATCGCattc > 1:792095/1‑247 (MQ=255) aaaaaaaTGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCATGCGCTAAAAAGAAGGGAAAGAAGAGTATGCGTTCAACGGCTTAGCTACGCGATTAAAGGATTAATCAGGAAGTTGAATTGTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGacac < 1:193068/251‑1 (MQ=255) aaaTGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTGTTTTCCCTTACCGCAAAGGGAAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATc > 1:490879/1‑251 (MQ=255) cGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGACCACAAAAGGTAGTTCAGGAAAGAATCAATCGCAGTCAGCAACCATCACTgggaaatcg > 1:784208/1‑244 (MQ=255) cAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGTTTTCCTTTAACACAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTa > 1:638072/1‑212 (MQ=255) gAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTGTGTTTTGCCATACAGAACAGGGTCGTGCAGGCAAGTATCAATAGAAGTACGACAACATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGAt > 1:338294/1‑249 (MQ=255) gAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTGCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTAGAATTTTAAGGGATTTGTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGAACTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGa < 2:375770/248‑1 (MQ=255) cAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGTCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACaaa < 1:518044/251‑1 (MQ=255) cAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTTGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGAAGGCAAAAGATAGTAATGGGACaa > 2:25219/1‑250 (MQ=255) aTGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTTACAACAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAAACGCAGTCAGACACAATCACTGGGCTATCGAAGGCAAAAGATAGTAATGGAGCATAAGGCTATGTTTTTGTAGGGAAATCGCTgg > 1:169915/1‑251 (MQ=255) 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aatcaataaGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTTCCTGTTTATACACACTGGCGCTTATGCTTACAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGtt < 1:320540/243‑1 (MQ=255) tGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGACAAAAAAGGGTAGATCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGAAATGGAACAAAAGTATATGTTTTTGTAGGGGGATCGCTGGATTATCTTATCACTGATGGTGCCGATGAAATCGTTaaactg > 1:837267/1‑247 (MQ=255) gggaggttaatgttAAGTGAATTTTTAATGCTTCAGGTTTATTTCCACAGTCGCTGATGCTTTCAGTCTATATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCAGACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTAACAATCGCAGTTAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATTGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGAt < 1:483477/238‑1 (MQ=255) 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ttCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTAcc < 1:284769/250‑1 (MQ=255) cATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGcac > 2:872142/1‑251 (MQ=255) | GTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCAC > NC_000913/3875292‑3875781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |