| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,525 | 0 | G | T | 32.4% | 54.6 / 12.3 | 37 | V30F (GTT→TTT) | yidX | putative lipoprotein YidX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/15); new base T (12/0); total (22/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCG > NC_000913/3875278‑3875758 | aaaCTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGttt > 1:634141/1‑251 (MQ=255) gttatataaTTTATAGCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGACGGGAAAAAATCTGAAAAAGAATATCAGGCGCTAAGCAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTGCAACGGCTGAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTTAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCTTACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAg < 1:530492/244‑1 (MQ=255) cacaAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGTTTTCCTTTACCGAAAAGGGTAGTTCAGGaa > 1:864823/1‑248 (MQ=255) agaccAATTCATAAAAAAATGACATTCGTCGGTCAGAAATCATAAAAAGGATAACAGGAGCTAAACATGAGGGAAAGAAGAGTATGCGTTCAACGGCTTAACTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAAATTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATc < 1:253839/247‑1 (MQ=255) tGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTCTTTTGCTTTAACGAAAAGGGAAGTTCAGGAAAGAATCAATCGCattc > 1:792095/1‑247 (MQ=255) aaaaaaaTGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCATGCGCTAAAAAGAAGGGAAAGAAGAGTATGCGTTCAACGGCTTAGCTACGCGATTAAAGGATTAATCAGGAAGTTGAATTGTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGacac < 1:193068/251‑1 (MQ=255) aaaTGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTGTTTTCCCTTACCGCAAAGGGAAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATc > 1:490879/1‑251 (MQ=255) cGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGACCACAAAAGGTAGTTCAGGAAAGAATCAATCGCAGTCAGCAACCATCACTgggaaatcg > 1:784208/1‑244 (MQ=255) cAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGTTTTCCTTTAACACAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTa > 1:638072/1‑212 (MQ=255) gAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTGTGTTTTGCCATACAGAACAGGGTCGTGCAGGCAAGTATCAATAGAAGTACGACAACATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGAt > 1:338294/1‑249 (MQ=255) gAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTGCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTAGAATTTTAAGGGATTTGTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGAACTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGa < 2:375770/248‑1 (MQ=255) cAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGTCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACaaa < 1:518044/251‑1 (MQ=255) cAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTTGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGAAGGCAAAAGATAGTAATGGGACaa > 2:25219/1‑250 (MQ=255) aTGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTTACAACAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAAACGCAGTCAGACACAATCACTGGGCTATCGAAGGCAAAAGATAGTAATGGAGCATAAGGCTATGTTTTTGTAGGGAAATCGCTgg > 1:169915/1‑251 (MQ=255) tCAACGGGTTTGTTACTCTTTTAAAGTATTAAGCAAGAATTTGGATTTTAAAGGATTTTTTAAGGAGGCCGGTATATTCCCACTGGCGCTGATGGTTTCAGGCGGTATCTCGGATGCTCTTGTTTCCCATACCGCAAACGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGACAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATTTTCGTGTAGGGGAATCGCTGGATTAc < 2:104832/250‑1 (MQ=255) tttAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGTTCTCCTTTACCAAAAAGAGAAGTTCAGGAAAGCATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCg > 1:119354/1‑250 (MQ=255) gATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGacac > 1:507108/1‑148 (MQ=255) gATTAATCATGAAGGTGAATTTTAAGGGATTTTGTAAGGCTGCCGTTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATTCTCTGGTTTCCCAGACCGCAAAGGGTATTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGacac < 2:507108/148‑1 (MQ=255) aatcaataaGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTTCCTGTTTATACACACTGGCGCTTATGCTTACAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGtt < 1:320540/243‑1 (MQ=255) tGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGACAAAAAAGGGTAGATCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGAAATGGAACAAAAGTATATGTTTTTGTAGGGGGATCGCTGGATTATCTTATCACTGATGGTGCCGATGAAATCGTTaaactg > 1:837267/1‑247 (MQ=255) gggaggttaatgttAAGTGAATTTTTAATGCTTCAGGTTTATTTCCACAGTCGCTGATGCTTTCAGTCTATATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCAGACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTAACAATCGCAGTTAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATTGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGAt < 1:483477/238‑1 (MQ=255) aaaGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGTTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTGCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGc < 2:526055/250‑1 (MQ=255) tttAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTTTCCCTTACAACAAAGGATAGTTCAGAAAAGTATCAATCGCAGTCAGACAGCATCACTGGGGTATCACAGGCAAAAGATGGAAATGGAACAAAAGGCTGTGATTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGGTGTTGCCGATGACATCGTTGAGATGCTAAATGagcc > 1:282071/1‑248 (MQ=255) aaGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTCTTCTGCTTTACCAAAAAGAGTAGTTCAGAAAAGTATCAATCGAAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAACAGCGAGTAATGGAACAAAAGGCTATGATTTTGTAGGGGAATCGCTGGGTGACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCggtagaatgatcaaggatacagc > 1:863544/1‑229 (MQ=255) atttttgaaggccgccgggtgagggccACCGGCGGTGATGCTTTCAGGGTGTAACTCGTAAGCACCGGTTTCCCATAACGCAAAGGGTAGTACAGGAAAGTATCAATCGCAGTGAGACACCAGGACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGGAATGGAACAAAAGGCTATGATTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCGCTGATGGTGCCGATTACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTa < 1:36561/226‑1 (MQ=255) aagtgtGCCGTTTTATTCCCACTGGTGCTGATGCCTTAATGCTGTATCTAGTATGCACTGGATTCCAAAAACGCAAAGGGTAGTGCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACAGGGCTATCGCATGCAAAAGATAGTAATGGATCAAAAGGCTATGTTTTTGTAGTGGAATCGCTGGATTACTTTAGCACTGATGTTGCCTGTTACATCTTTATGTTGCTCAATGTTCTAGCTTTTAACCggt < 2:343381/245‑2 (MQ=255) cGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGCTGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCAAAATATTc > 2:628048/1‑251 (MQ=255) tttATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCCTACCGCAACGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATAGTTAAGATGCTCAATGATCCAACACTTAACCGGCACAATATTCAgg > 2:372342/1‑251 (MQ=255) aCTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGACAAAAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGGTCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATg > 1:231577/1‑251 (MQ=255) aCTGGCGATGATGCTTTCAGGCTGTATCTCATATGCTCTGGTTTCCCATACCGCACAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAACAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTTTCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGAt > 2:81396/1‑250 (MQ=255) ggCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGAAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAACGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATGGCTGGATTACCTTATCACGGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATT‑AGGtttgccgtggacg > 1:596423/1‑240 (MQ=255) tGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGGTTTCCTTTACAGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCAGATGAAGCa > 1:144662/1‑248 (MQ=255) gCTGTATCTCTTATGCTCTGGTTTCCCATTCCGCAAATGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTTGGCTAGCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAAt < 1:612076/251‑1 (MQ=255) gCTGTATCTCATATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTTTCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAAt < 1:81396/251‑1 (MQ=255) gTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCg > 2:284769/1‑251 (MQ=255) tcGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTaa > 2:587365/1‑173 (MQ=255) tcGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTaa < 1:587365/173‑1 (MQ=255) | AAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCG > NC_000913/3875278‑3875758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |