| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 62,379 | Δ25,896 bp | [rapA]–[cra] | 25 genes [rapA], polB, araD, araA, araB, araC, yabI, thiQ, thiP, thiB, sroA, sgrR, sgrS, sgrT, setA, leuD, leuC, leuB, leuA, leuL, leuO, yabR, ilvI, ilvH, [cra] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 62379 | 88274 | 25896 | 138 [4] | [7] 140 | [rapA]–[cra] | [rapA],polB,araD,araA,araB,araC,yabI,thiQ,thiP,thiB,sroA,sgrR,sgrS,sgrT,setA,leuD,leuC,leuB,leuA,leuL,leuO,yabR,ilvI,ilvH,[cra] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 62378 | 4 (0.050) | 132 (1.630) | 101/490 | 0.0 | 96.0% | coding (887/2907 nt) | rapA | RNA polymerase‑binding ATPase and RNAP recycling factor |
| ? | NC_000913 | 88275 = | 7 (0.090) | coding (248/1005 nt) | cra | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra | |||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TGAAACTGGATGAAATCGCTCGGCTGGCGGGAGTGTCGCGGACCACTGCAAGCTATGTTATTAACGGCAAAGCGAAGCAATACCGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCACACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTG‑ATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGA > NC_000913/88029‑88524 | cgtacatctcgccgtgcatgttcaggtcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGaa < 2:135683‑M2/5‑1 (MQ=255) catctcgccgagcatgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGcc > 2:169970‑M2/243‑251 (MQ=255) ctcgccgagcatgttcagttcgtccttgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcccgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGACCGCAAgg > 2:93962‑M2/240‑251 (MQ=255) ccgtcgggtatgttcatttcgtcattgctcagtttgttacctgccggcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGgc < 2:730715‑M2/13‑1 (MQ=255) cgccgagcatgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGgc < 1:435329‑M2/13‑1 (MQ=255) catgttcagttcgtccgtgctcagtttgtttcctgccagcagcatggcaacggcgtccgcatccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaaccgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGTGCTGCAAc < 2:636921‑M2/21‑1 (MQ=255) tgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgatcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgatcaatggcctgatTTGCACGCCAGGCGCGGCAACgg > 2:675388‑M2/229‑251 (MQ=255) gtcagttcttcattgctcagtttgttaccttccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgattattgttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgttgaagcggttcgggtccatcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccgggttctcggtcagcagcagaactcccgtcacgtgctctgccagttgttcaatggccttatTTGAACGCCAGGCGCGGcaactgg < 1:830839‑M2/24‑4 (MQ=255) agttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGtt > 1:8131‑M2/224‑250 (MQ=255) cgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAAAGGGGTTATCa > 2:38147‑M2/220‑250 (MQ=255) cattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcacccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatcccccgctgttccggggtcgcggtcagcagcaaaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctggtTTGAACGACAGGCGCGACAACGGGGTGATCAActg > 2:603493‑M2/217‑251 (MQ=255) tttgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttcggctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggtgcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAAct < 2:191099‑M2/34‑1 (MQ=255) ttgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggcccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAActgc < 1:156270‑M2/36‑1 (MQ=255) tgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggcgttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGgttatcaaactctg > 2:277760‑M2/214‑245 (MQ=255) ctcagtttgatacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgacctgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGAt > 2:442175‑M2/212‑251 (MQ=255) tcagtttgttacctgccagcagcatggcaacgtcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGAtt > 1:766211‑M2/211‑251 (MQ=255) tcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGAtt > 1:138945‑M2/211‑251 (MQ=255) ccagtgtgttcccggccagcagcatggctacgtcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcatacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggactgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGTGTTATCAACTGCTGAtt < 2:100053‑M2/41‑1 (MQ=255) cagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgatccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTg < 1:281391‑M2/42‑1 (MQ=255) 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cctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACg > 1:477577‑M2/200‑221 (MQ=255) gccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaagcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCagaa < 2:137821‑M2/53‑1 (MQ=255) cTATGTTATTAACGGCAAAGCGAAGCAATACCGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCACACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCaga > 2:324448/1‑246 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |