| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,436,697 | G→A | E60E (GAG→GAA) | trkA → | NAD‑binding component of Trk potassium transporters |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,436,697 | 0 | G | A | 97.8% | 127.6 / ‑3.9 | 45 | E60E (GAG→GAA) | trkA | NAD‑binding component of Trk potassium transporters |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (22/22); total (23/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
AAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTG‑ATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCA‑GGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGC > NC_000913/3436453‑3436942 | aaGAGGGCGACGTCTTCATTTACGCAAAGCTAATAAAAAAGTG‑ATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATGATCAGTCGGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTTGCGGAAAACCGGGGTGGCGAGAACAACGATATTACAGTTGTCGATACCAACGGGGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGAGGGAAGCA‑GGt < 2:214353/251‑1 (MQ=255) 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1:222881/1‑251 (MQ=255) tctcATCCACGCGTATTGCGGGAAGCA‑GGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGCGCGCGATGCCGATAGGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCCCCAGGGCCGTTGGTTATCGTTAATATTTACCGACt > 2:163058/1‑251 (MQ=255) ctcATCCACGCGTATTGCGGGAAGCA‑GGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTAc < 1:139643/155‑1 (MQ=255) ctcATCCACGCGTATTGCGGGAAGCA‑GGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTAc > 2:139643/1‑155 (MQ=255) cgcgTATTGCGGGAATCA‑TGTGCCGACGACGCCTATATGCTGGTTTCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCTCGTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGATTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTa < 2:372476/251‑1 (MQ=255) 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AAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTG‑ATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCA‑GGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGC > NC_000913/3436453‑3436942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |