| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,400,268 | C→T | A274T (GCA→ACA) | mreB ← | dynamic cytoskeletal protein MreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,400,268 | 0 | C | T | 98.1% | 141.4 / NA | 52 | A274T (GCA→ACA) | mreB | dynamic cytoskeletal protein MreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (20/31); minor base G (1/0); total (21/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ACACTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTACGGCC‑ACGAACTTCGATTTCACGGACTTCATCGCCCGGATAAGCCGAACCGATTTCGTGCTTGATACGTTCTGCGGTGGCTTCACCGATCAGAGAACCGTAATTACGACGCACATAGTTGATGATAGCTTCGTCGAAAC > NC_000913/3400021‑3400510 | acacTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGTAAc > 1:241235/1‑251 (MQ=255) cacTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGTAAcc < 1:210279/251‑1 (MQ=255) cccTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGTAACCATTAcc > 1:282519/1‑251 (MQ=255) gcATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGTAACCATTACCGCGCTc < 1:111702/249‑1 (MQ=255) cATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGTTCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGTCTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGTAACCATTACCGCGCTcaca < 2:69167/251‑1 (MQ=255) gATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGTCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTGTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGTAACCATTACCGCGCTCACAATAcc < 2:282519/251‑1 (MQ=255) ctTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGTAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGc > 1:158137/1‑251 (MQ=255) 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aTGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGGGTAACCCTTACCGCGCTCAAAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTACGGCC‑ACGAACTTCGATTTCACGGACTTCATCGCCCGGATAAGCCGAACCGATTTCGTGCTTGATACGTTCTGCGGGGGCTTCACCCATCCGAGAACCGTAATTacgca > 2:243522/1‑248 (MQ=255) gtcagAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTATTCCAGTGTAACCATTACCGCGCTCACCATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGGTCAGGGTAAAAACGCGTGGAACACCTTCTGCCCGGTTACGGCC‑ACGAACTTCGATTTCCCGGAATTCAACGCCCGGCTAAGCCGCACCAATTTCGTGCTTGATACGCTCTGCGGTGGCTTCCCCGATCAGAGACCCgacattaccacacc > 2:261113/5‑238 (MQ=255) aaGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGTAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTACGGCC‑ACGAACTTCGATTTCACGGACTTCATCGCCCGGATAAGCCGAACCGATTTCGTGCTTGATACGTTCTGCGGTGGCTTCACCGATCAGAGAACCGTAATTACGACGCACATAg < 1:122135/251‑1 (MQ=255) 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tCCGGCGGGCACTGTTCCAGGGTAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGGAGTGCTTCGAGGGTTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGAGTGGAACACCTTATGCCAGGTTACGGCC‑ACGAACTTCGGTTTTACGGAATTCATCGCCCGGATAAGCCGAAACGATTTCGTGCTTGATACGTTCTGCGGTGGCTTCACCGCTCAGAAAACCGTAAGTACGACGGCCAGAGTtgatca > 2:181224/1‑248 (MQ=255) ttCCAATGTAACCATAACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGCATTCATAGGAGTTCAGGATAAAACCGCGTGGCACACCTTATGCCAGGTTACGGCC‑ACGCACTTAGCTTTCACGGACTTCATCGCCCGGATAAGCCGAACCGATTTCGTGCTTGATACGTTATGCGGTGGCTTCACCGATCAGAGACCCGTAATTACGACGCACATAATTGATGATCGCTTCGTCGAAAc > 2:239437/1‑251 (MQ=255) | ACACTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTACGGCC‑ACGAACTTCGATTTCACGGACTTCATCGCCCGGATAAGCCGAACCGATTTCGTGCTTGATACGTTCTGCGGTGGCTTCACCGATCAGAGAACCGTAATTACGACGCACATAGTTGATGATAGCTTCGTCGAAAC > NC_000913/3400021‑3400510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |