| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,548,036 | G→A | A212A (GCG→GCA) | fdnG → | formate dehydrogenase N subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,548,036 | 0 | G | A | 95.7% | 130.7 / NA | 47 | A212A (GCG→GCA) | fdnG | formate dehydrogenase N subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (20/25); minor base C (2/0); total (22/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCCCGTATTGCGAAGCTGATGAAAGCTGACCGTGACGCTAACTTTATTGAAAAGAACGAGCAGGGCGTAACGGTAAACCGTTGGCTTTCTACCGGTATGCTGTGTGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATTTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCGCCTATTCGTTCCGGTACGGACATTACGTTCCTGTCTGGCGTTTTGCGCTACCTGAT > NC_000913/1547790‑1548275 | ctcCCGTATTGCGAAGCTGATGAAAGCTGACCGTGACGCTAACTTTATTGAAAAGAACGAGCAGGGCGTAACGGTAAACCGTTGGCTTTCTACCGGTATGCTGTGTGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATTTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATg > 1:277028/1‑250 (MQ=255) cccGTATTGCGAAGCTGATGAAAGCTGACCGTGACGCTAACTTTATTGAAAAGAACGAGCAGGGCGTAACGGTAAACCGTTGGCTTTCTACCGGTATGCTGTGTGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATTTGCACGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGa < 1:9067/249‑1 (MQ=255) gCGAAGCTGATGAAAGCTGACCGTGACGCTAACTTTATTGAAAAGAACGAGCAGGGCGTAACGGTAAACCGTTGGCTTTCTACCGGTATGCTGTGTGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATTTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACt < 1:365243/250‑1 (MQ=255) gatgaAAGCTGACCGTGACGCTAATTTTATTGAAAAGAACGAGTAGGGCGTAACGGTAAACCGTTGGCTGTCTACCGGTATGCTGTGTGCCTCCGGTGCCTGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATGTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGTGTGGata < 1:376696/251‑1 (MQ=38) ggaAAGCTGACCGGGACGCTAACTTGATTTAAAAGAACGAGCAGGGCGTAACGGTAAACCGAAGGATTTCTTACGGTATGCTGTGAGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATTTGCCCGCGCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATGTGGTCGCGGTGCAATGACCTACCACGGGGTGGATATc < 2:28066/250‑1 (MQ=37) aaGCTGACCGTGACGCTAACTTTATTGAAAAGAACGAGCAGGGCGTAACGGTAAACCGTTGGCTTTCTACCGGTATGCTGTGTGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATTTGACCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACAAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTggggtgttatcaa > 1:274732/1‑240 (MQ=255) gTGACGCTAACTTTATTGAAAAGAACGAGCAGGGCGTAACGGTAAACCGTTGGCTTTCTACCGGTATGCTGTGTGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATTTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGCAGACAACCAGGCGCGCGGCTGACACCGACCAACGGTAGCAAGGCTTGCTCCCACATTTGTTCGCGGGGCCATGACCAACCACTGGGGGGGTATCAAAAACGCTaa > 2:157057/1‑250 (MQ=255) 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2:392300/251‑1 (MQ=255) tttCTACCGGTATGCTGTGTGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATTTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGGGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGc > 1:406864/1‑251 (MQ=255) aacgggaTGCTGTGTGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCATAAATTTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGGCTGACACGGACCAACTGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGACGTGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTg < 1:388997/242‑1 (MQ=255) gTATGCTGTGTGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATTTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGCCACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGGGGGTATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGGGCGTCCCGTCGGTTTCCGCTGGGAGATg > 2:263022/1‑251 (MQ=37) 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cGGGATGCTGACCCAGAAATTTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGGCAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGGCGTGATGGGGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCgg > 1:6827/1‑201 (MQ=255) cGGGATGCTGACCCAGAAATTGGCCCGCGCCCTCGGGAGGCGGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCcggcgg < 2:6827/201‑1 (MQ=21) cTGACCCAGAAATTTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGGAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGGAGCACGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGGGGATATCAAAAAAGCTAACGGCGGGATGGGGATGGGCGGGAACGCTGATGAAGGGCATCCCCTCGGGTTCCGCAGGGCGAAGGAAGCGGAAAACCACAAACACGAAACCTTGATAGTTGTCgg > 2:329871/1‑250 (MQ=255) ttGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGAAACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGAACAACCACTGGGTGGATATAAAAAACGCTAACGTCGGGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGAGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGGTGGAAGCGCAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCTGTCCCCGTTTTAcg > 1:216286/1‑251 (MQ=25) cccTCGTGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGGCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCGTGCTCCAAAATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAGGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTTCCGCt < 2:106113/251‑1 (MQ=255) gggATGCTGGCGGTAGACCACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGGAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGGTATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGGGATGGGc > 2:172000/1‑138 (MQ=21) gggATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGc < 1:172000/138‑1 (MQ=255) gggATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCtgt < 1:83786/251‑1 (MQ=255) aTGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGc < 1:93933/251‑1 (MQ=255) ggTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTAGCGTATAttt > 1:123271/1‑251 (MQ=255) aGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCGCCTAtt > 1:118163/1‑251 (MQ=255) tAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCGCCTATTCGTTCCGGTACGGACATTa > 1:368838/1‑243 (MQ=255) tAGCAAGTCTGGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCGCCTATTCGTTCCGGTACGGACATTa < 2:368838/243‑1 (MQ=255) aaGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGGTATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACAGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCGCCTATTCGTTCCGGTACGGACATTACGGTCCTGTCTg > 1:383936/1‑251 (MQ=255) gCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCTCCTATTCGTTCCGGTACGGACATTACGTTCCTGTCTGGCGtttt > 1:11825/1‑251 (MQ=255) gCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCGCCTATTCGTTCCGGTACGGACATTACGTTCCTGTCTGGCGttt < 1:337525/250‑1 (MQ=255) cAACATTTGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCGCCTATTCGTTCCGGTACGGACATTACGTTCCTGTCTGGCGTTTTgcgc > 1:265118/1‑251 (MQ=255) 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tttGGTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGGTATTTACGCGCCTCTTCGTTCCGGTACGGACATTACGTTCCTGTCTGGCGGTTTGCGCTaact > 1:199544/1‑248 (MQ=255) tGGTCGCGGTGCAATGCCCAACCCCTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGAGGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCGCCTATTCGTTCCGGTACGGACATTACGTTCCTGTCTGGCGTTTTGCGCTACCTg < 2:199544/250‑1 (MQ=255) ggTCGCGGTGCAATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGAGCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCGCCTATTCGTTCCGGTACGGACATTACGTTCCTGTCTGGCGTTTTGCGCTCCCTGAt < 2:390844/251‑1 (MQ=255) | CTCCCGTATTGCGAAGCTGATGAAAGCTGACCGTGACGCTAACTTTATTGAAAAGAACGAGCAGGGCGTAACGGTAAACCGTTGGCTTTCTACCGGTATGCTGTGTGCCTCCGGTGCCAGCAACGAAACCGGGATGCTGACCCAGAAATTTGCCCGCTCCCTCGGGATGCTGGCGGTAGACAACCAGGCGCGCGTCTGACACGGACCAACGGTAGCAAGTCTTGCTCCAACATTTGGTCGCGGTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGCTGAAGCGCATCCCGTCGGTTTCCGCTGGGCGATGGAAGCGAAAAACAACAACGACGCAACCTTGATCGTTGTCGATCCCCGTTTTACGCGTACCGCTTCTGTGGCGGATATTTACGCGCCTATTCGTTCCGGTACGGACATTACGTTCCTGTCTGGCGTTTTGCGCTACCTGAT > NC_000913/1547790‑1548275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |