| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 82,957 | C→T | V191V (GTG→GTA) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 82,957 | 0 | C | T | 90.2% | 124.7 / 4.4 | 52 | V191V (GTG→GTA) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/1); new base T (26/20); total (31/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
CTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTT > NC_000913/82738‑83202 | cTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTTATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCCGCACGCTCGCCGCTCCCGTTCCTTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCCTGTACCCCCGCCAGGGAGTTTCCCACCCCCCGGCCCCAAACCTCGGGGGGTTGTACGGAGATAAAGGCGTTGTCGATGTTTGGCACGCGTTCATAccgagcgctgttgaatgccg > 2:392107/1‑232 (MQ=255) ggTGATTAATGGCGGGGTGGGCGGTGGGAATATCCTTACGGACTTTTATTGCCATGGTGGCTTCTTCCCGGGGACAGGTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTTATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATTGACCGCCCCCCGTGAGTTGCCCGCCGCCCGGGCCAAAACGTCCGGGGGATGTACGGAAATAACGGCTTTGTGGATGTTAGGGTCGCGGTCATACAGGGCGCtggtgtattcggcg > 2:242247/1‑239 (MQ=255) gTGATTAATGGCGGTGTGGACTTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGa < 1:392107/251‑1 (MQ=255) aCGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTa < 1:391869/251‑1 (MQ=255) aCGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCAAGGGACCAGTTTCCGGCACGCTCTCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCTACCGCCATGCCTAAATCGACGTGGGTCTGTACGGAAATAATGGCTTTGTAGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCAGCTGCTTCTGTCGACCTCAAACGGCATGgtgt > 1:387873/1‑250 (MQ=255) tGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCCACCGGCATGGTGTAGccc > 2:179173/1‑251 (MQ=255) atCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATCATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGgtgt > 1:310927/1‑251 (MQ=255) 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aGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATcgc > 2:255779/1‑251 (MQ=255) gggAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGAGAGTTTCCAACCCCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTCCGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCAAGCGTTCATAAAGGCCGCTGATGATTCCGGGGAACTCACACGGCCACGTGTAGCCCACCGGGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATCAAtaccc > 2:38693/1‑247 (MQ=255) cagttccgggcacccgcGCCGTTCCCGTGCATTGTGCCTCCCCCCGGGCGGGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTc < 2:121077/235‑1 (MQ=255) 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cccTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGcc < 1:419732/250‑1 (MQ=255) tCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCgg < 1:109261/250‑1 (MQ=255) aCCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGgt > 1:261220/1‑237 (MQ=255) 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ccGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGgc > 1:275203/1‑251 (MQ=255) ccGACCGCCAGGACTAAATCGTCGAGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCAGGAATGTTGATGGTGGTGGCCCCGGCATTAATAGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGCGTACACCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCCACGGTGTAAATCCGGgc > 2:224246/1‑251 (MQ=255) ccaccAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTCCGGGCGCGt > 2:10241/4‑251 (MQ=255) 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tGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCACACGGTGTACGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACTTCATCCAGCGTGCTGagcagc > 1:124556/1‑251 (MQ=255) tAGGTACGCGTTCCTACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCTCGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAAGTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACATCATCCAGCGTGCTGCGCAGCtt < 2:37020/250‑1 (MQ=255) | CTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTT > NC_000913/82738‑83202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |