| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 82,933 | G→A | I199I (ATC→ATT) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 82,933 | 0 | G | A | 89.8% | 124.7 / 2.7 | 49 | I199I (ATC→ATT) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/1); new base A (24/20); total (28/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
GCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGA > NC_000913/82692‑83174 | gCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGGCGCTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGGTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCCCCCTGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCCGTGAGTTTCCGACCGCCACGGCTAAATCGTCGAGGGTATTGACGGAAATAATGGCt > 1:37020/1‑251 (MQ=255) tatTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGGTGGGAAAATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGGACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGGCGGGGGGATGTACGGGAATAATgggcttg > 1:132201/1‑246 (MQ=255) cAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGGCGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAATTTCCGGCACGCTCGCCGGTCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGGGCACCGGCCTGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGCACGCCAGGCCTAAATCGACGGGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCggt > 1:139856/1‑249 (MQ=255) ggCTAACTAACGGGCTGGGCCGCCTTATCCCCTGGTGATTAAGGGCGGTTGGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACATTTTCCGGCCCGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCCCCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGCAAATAATGGCTTTGTCGATGtt < 2:278203/247‑1 (MQ=255) 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cccATGATGACTTCTCCCAGGTAACATTGCCCGGCACGCTCGCCGATCCCTTTCATTGCGCCTCCCACCTGGCGTGCCCCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGAtggtggt < 2:132201/250‑1 (MQ=255) cATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGaa > 1:309978/1‑236 (MQ=255) atgaCTTCTTCCAGGGAACCGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATACTGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGtt > 2:270866/1‑169 (MQ=255) atgaCTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGtt < 1:270866/169‑1 (MQ=255) tgaCTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGGGTCCGGAATGTTGATGGGGGTGGCACCg > 1:149662/1‑251 (MQ=255) tcCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCCCCTGGCGTGCCCCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTa < 1:17695/249‑1 (MQ=255) aGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATcgc > 2:255779/1‑251 (MQ=255) 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cGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGTTGTTCGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAAt < 1:181450/251‑1 (MQ=255) cATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGCTGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTc > 1:270910/1‑250 (MQ=255) cATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTc > 1:130258/1‑250 (MQ=255) 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aTGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATAGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCg > 1:88233/1‑250 (MQ=255) tGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACCAGCCGCTGATGAGTCCGGCGAAATCAAACGGCATGATGTAGCCCACGGTGGCCGGAGTGTTGATGGGGGGGGCAGCGGCATTAATCGCCGCGTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGAACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCCCCATATAGATAGCGCGGTCgc > 1:382/1‑249 (MQ=255) | GCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGA > NC_000913/82692‑83174 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |